Medicinska fakulteten är indelad i tre enheter: Clinicum, Medicum och forskningsprogramenheten. Clinicum och Medicum har avdelningar. Avdelningarna å sin sida ansvarar för olika ämnen.
Clinicum omfattar de kliniska avdelningarna, avdelningen för oral- och maxillofaciala sjukdomar och avdelningen för folkhälsovetenskap.
Medicum omfattar de biomedicinska avdelningarna, klinisk-teoretiska ämnen och avdelningen för rättsmedicin.
Medicinska fakultetens forskningsprogramenhet är ett samfund för högklassig forskning. Ett internationellt vetenskapligt råd bedömer och väljer ut forskningsprogram och deras forskningsgrupper genom konkurrensutsatt ansökningsförfarande med 4–6 års mellanrum.
Forskningsprogram 2019–2025: