Den starka medicinska forskningen sträcker sig från grundforskningen till kliniska tillämpningar. Forskningens tyngdpunkter vid fakulteten under den nuvarande strategiperioden är malign tillväxt, hjärna och medvetande, inflammationer, ämnesomsättning och degenerative processer.

Fakulteten placerar sig på femte plats bland universiteten i Europa när bedömningskriteriet är antalet citat eller referenser till publikationer som behandlar klinisk medicin. Flera tunga finländska namn som verkar både Finland och utomlands har utbildats vid fakulteten.

Akademiskt medicincentrum Helsingfors (AMCH) är ett internationellt betydande campus för medicin. Det består av Medicinska fakulteten vid Helsingfors universitet, universitetscentralsjukhuset (HUCS/HNS) och Institutet för molekylärmedicin i Finland (FIMM), som är en del av den fristående institutionen HiLife.