Lääketieteellinen tiedekunta on jakautunut kolmeen yksikköön: Clinicum, Medicum ja tutkimusohjelmayksikkö. Clinicum ja Medicum käsittävät eri osastoja. Osastot puolestaan vastaavat eri oppiaineista. Tutkimusohjelmayksikkö koostuu yhdeksästä tutkimusohjelmasta.
Clinicumin muodostavat kliiniset osastot, suu- ja leukasairauksien osasto sekä kansanterveystieteiden osasto.
Medicumin muodostavat biolääketieteelliset osastot, kliinisteoreettiset oppialat sekä oikeuslääketieteen osasto.
Lääketieteellisen tiedekunnan tutkimusohjelmayksikkö (TOY) on korkeatasoisen tutkimuksen yhteisö. Kansainvälinen tieteellinen neuvosto arvioi ja valitsee tutkimusohjelmat ja niiden tutkimusryhmät kilpaillun haun kautta 4–6 vuoden välein.
Tutkimusohjelmat 2019–2025: