Helsingfors universitets organisationsstruktur har tre nivåer. Till den universitetsövergripande nivån hör universitetskollegiet, universitetets styrelse, rektorn, kanslern och universitetsservicen. Fakulteterna och de fristående institutionerna bildar den andra nivån och institutionerna som hör till fakulteterna den tredje nivån.

Universitetets högsta beslutsorgan är styrelsen som har 13 medlemmar. Styrelsen leds av en ordförande.

Rektorn leder universitetets verksamhet. Rektorn bistås av tre prorektorer och universitetsservicen som leds av förvaltningsdirektören.

Universitetets kansler främjar vetenskaperna, bevakar universitetets allmänna intressen och har tillsyn över verksamheten vid universitetet.

Universitetskollegiet har 50 medlemmar. Universitetskollegiet bestämmer bl.a. om antalet styrelsemedlemmar, mandattiden för styrelsen och styrelsens medlemmar samt fastställer universitetets bokslut och verksamhetsberättelse.

För organiseringen av forskningen och undervisningen är universitetet indelat i fakulteter. Av universitetets 11 fakulteter är fem institutionslösa, och de övriga har sammanlagt 17 institutioner. Svenska social- och kommunalhögskolan hör till universitetet som en fristående institution.

Fakulteten leds av dekanus och institutionerna av prefekter. Dekanerna och prefekterna utses för en verksamhetsperiod på fyra år. Dekanus ansvarar för fakultetens allmänna verksamhet, personaladministration och ekonomi. Prefekterna har motsvarande uppgifter i institutionerna.

Fakulteten har ett fakultetsråd som har till uppgift att utveckla fakultetens övergripande verksamhet. Fakultetsrådet leds av dekanus. Institutionerna har institutionsråd med motsvarande uppgifter.

Universitetet har 10 fristående institutioner som är inriktade på forskning och undervisning eller som producerar tjänster. De fristående institutionerna har en direktör och en direktion.

Vid universitetet finns mångvetenskapliga forskningsnätverk och enheter som sköter nationella myndighetsuppgifter. Helsingfors universitet deltar tillsammans med andra universitet i verksamheten vid universitetscentren som finns på olika orter i Finland.