Helsingfors universitets organisationsstruktur består av universitetskollegiet, universitetets styrelse, rektorn, kanslern, universitetsservicen, fakulteterna, gemensamma enheter och de fristående institutionerna. Svenska social- och kommunalhögskolan hör som en fristående enhet till Helsingfors universitet.

Universitetets högsta beslutsorgan är styrelsen som har 13 medlemmar. Styrelsen leds av en ordförande.

Rektorn leder universitetets verksamhet. Rektorn bistås av tre prorektorer och universitetsservicen som leds av förvaltningsdirektören.

Universitetets kansler främjar vetenskaperna, bevakar universitetets allmänna intressen och har tillsyn över verksamheten vid universitetet.

Universitetskollegiet har 50 medlemmar. Universitetskollegiet bestämmer bl.a. om antalet styrelsemedlemmar, mandattiden för styrelsen och styrelsens medlemmar samt fastställer universitetets bokslut och verksamhetsberättelse.

För organiseringen av forskningen och undervisningen är universitetet indelat i fakulteter. Fakulteten leds av dekanus. Dekanus ansvarar för fakultetens allmänna verksamhet, personaladministration och ekonomi. Fakulteten har ett fakultetsråd som har till uppgift att utveckla fakultetens övergripande verksamhet. Fakultetsrådet leds av dekanus.

Universitetet har 9 fristående institutioner som är inriktade på forskning och undervisning eller som producerar tjänster. De fristående institutionerna har en direktör och en direktion.

Vid universitetet finns mångvetenskapliga forskningsnätverk och enheter som sköter nationella myndighetsuppgifter. Helsingfors universitet deltar tillsammans med andra universitet i verksamheten vid universitetscentren som finns på olika orter i Finland.