Yliopisto jakautuu tiedekuntiin tutkimuksen ja opetuksen järjestämistä varten. Tiedekunnat myöntävät tutkinnot ja vastaavat niiden laadusta. Tiedekuntaa johtaa dekaani. Dekaani vastaa tiedekunnan yleisestä toiminnasta, henkilöstöhallinnosta ja taloudesta. Tiedekunnassa toimii dekaanin johdolla tiedekuntaneuvosto, jonka tehtävänä on kehittää tiedekunnan toimintaa kokonaisuutena.
Yliopistossa on 8 erillistä laitosta. Ne ovat tehtäviltään tutkimus-, opetus- tai palvelupainotteisia. Erillisellä laitoksella on johtaja ja johtokunta. Osa erillisistä laitoksista on yhteisiä muiden yliopistojen ja organisaatioiden kanssa.
Yliopistossa toimii monitieteisiä tutkimusverkostoja sekä valtakunnallisia viranomaistehtäviä hoitavia yksiköitä. Helsingin yliopisto osallistuu muiden yliopistojen kanssa eri puolilla maata toimivien yliopistokeskusten toimintaan Lahdessa, Mikkelissä ja Seinäjoella.