Opetus- ja kulttuuriministeriön päätöksen mukaan vuosina 2025-28 Helsingin yliopiston valtakunnalliset erityistehtävät ovat samat kuin vuosina 2021-24. Helsingin yliopiston lakisääteiset ja valtion kanssa sovitut erityistehtävät vuosille 2025-2028 löytyvät alta.
Aleksanteri-instituutti on valtakunnallinen, Helsingin yliopiston alainen Venäjän ja itäisen Euroopan tutkimuskeskus.
Fysiikan tutkimuslaitos, HIP (sivut vain englanniksi), on Helsingin yliopiston, Aalto-yliopiston, Jyväskylän yliopiston, Lappeenrannan–Lahden teknillisen yliopiston LUT ja Tampereen yliopiston yhteinen valtakunnallisia tehtäviä hoitava tutkimuslaitos.
Harjoittelukoulujen yliopistollisena tehtävänä on yliopiston opettajankoulutuksen opettajan pedagogisiin opintoihin kuuluvan harjoittelukouluissa tapahtuvan opetusharjoittelun järjestäminen ja siihen liittyvä opetusharjoittelun ohjaus sekä niiden kehittäminen.
Helsingin yliopistolla on valtiollinen erityistehtävä monien harvinaisten kielten ja kulttuurien opetuksessa ja tutkimuksessa.
Taloustieteen keskus Helsinki GSE (sivut vain englanniksi) on Aalto-yliopiston, Helsingin yliopiston ja Hanken Svenska handelshögskolanin yhteinen taloustieteen tutkimus- ja opetusyksikkö, Yksikön tehtävä on tuottaa vaikuttavaa ja korkeatasoista tutkimusta, kouluttaa taloustieteilijöiden seuraavaa sukupolvea sekä edistää yhteistyötä taloustieteen, muun tiedekentän ja yhteiskunnan välillä.
Ilmakehätieteiden keskus INAR johtaa Kansallista ilmakehätutkimuksen verkostoa. INAR:n ja sen kansalliset partnerit kehittävät ja ylläpitävät ilmakehä- ja ekosysteemimittauksia tuottavia SMEAR -asemia Suomessa, johtavat kansainvälistä mittausasemaverkostoa sekä kehittävät kansallista ilmakehätieteiden tutkimus- ja opetuskeskittymää.
Kulttuuriperintö on yhteistä omaisuuttamme, ja vastuu sen säilymisestä kuuluu kaikille. Kansalliskirjasto vastaa kansallisen julkaisuperinnön säilyttämisestä, kuvailusta ja käyttöön asettamisesta osana ainutlaatuisten kokoelmiensa kartuttamista. Se toimii myös kirjastokentän valtakunnallisena palvelu- ja kehittämisyksikkönä.
Kriminologian ja oikeuspolitiikan instituutti (Krimo), entinen Oikeuspoliittinen tutkimuslaitos, on Helsingin yliopiston yhteydessä toimiva tutkimusinstituutti, jossa harjoitetaan kriminologista ja oikeuspoliittista tutkimusta ja seurantaa.
Kuluttajatutkimuskeskuksessa tutkitaan kulutuksen ja kulutusyhteiskunnan kehitystä sekä kulttuurin, yhteiskunnan, talouden ilmiöiden ja politiikan ilmiöiden yhteyksiä kuluttajiin ja kulutusyhteiskuntaan.
Lahden Yliopistokampus on kansainvälinen yliopistojen ja Lahden kaupungin sopimukseen perustuva osaamiskeskittymä ja osa Lahden alueellista innovaatioympäristöä. Kampuksella yliopistot tekevät monialaista tutkimusta ja antavat tutkimukseen perustuvaa opetusta sekä edistävät toiminnan alueellista vaikuttavuutta.
LUMA-keskus Suomen tavoitteena on innostaa ja kannustaa lapsia ja nuoria matematiikan, luonnontieteiden ja teknologian harrastamiseen ja opiskeluun uusien tiede- ja teknologiakasvatuksen avausten kautta, tukea opettajia elinikäiseen oppimiseen varhaiskasvatuksesta korkeakouluihin koko Suomessa, sekä vahvistaa tutkimuspohjaista opetuksen kehittämistyötä.
Luonnontieteellinen keskusmuseo LUOMUS on Helsingin yliopiston erillislaitos, joka säilyttää ja ylläpitää luonnontieteellisiä kansalliskokoelmia sekä harjoittaa niihin liittyvää tutkimusta.
Mikkelin yliopistokeskus (MUC) on verkostomallinen kolmen yliopiston ja noin 130 henkilön osaamiskeskittymä. Yliopistokeskus perustuu sopimukseen Aalto-yliopiston, Helsingin yliopiston, Lappeenrannan–Lahden teknillinen yliopisto LUT sekä Mikkelin kaupungin välillä.
Svenska social- och kommunalhögskolan (Soc&kom) on Helsingin yliopiston itsenäinen yksikkö, joka keskittyy ruotsinkieliseen yhteiskuntatieteelliseen opetukseen ja tutkimukseen ja jolla on vahva pohjoismainen profiili. Helsingin yliopiston suurimpana ruotsinkielisenä yksikkönä olemme myös tärkeä osa yliopiston kaksikielistä toimintaa.
Yliopistollinen eläinsairaala on eläinlääketieteellisen hoidon huippuyksikkö, jossa saa hoitoa vuosittain yli 20 000 eläinpotilasta.
Seismologian instituutti tutkii ja seuraa Suomen ja lähialueiden seismistä aktiivisuutta.
Kemiallisen aseen kieltosopimuksen instituutti VERIFIN tukee kemiallisen aseen kieltosopimuksen valvontaa kehittämällä tutkimusmenetelmiä kemiallisille taisteluaineille ja antamalla alaan liittyvää koulutusta.