Liha voi kontaminoitua teurasprosessin aikana ja vihannekset ja hedelmät esimerkiksi ristikontaminaation kautta. Eläimistä ja elintarvikkeista peräisin olevat bakteerit voivat aiheuttaa sairauksia ihmisissä, ja myös mikrobilääkkeille vastustuskykyiset bakteerit voivat tarttua ihmiseen elintarvikkeiden välityksellä.
Tässä hankkeessa tutkittiin vähittäismyynnin tuontielintarvikkeita, joita on tuotu Suomeen EU:n sisältä ja ulkopuolelta. Näytteitä otettiin erilaisista elintarvikeryhmistä, mukaan lukien liha, merenelävät, hedelmät ja vihannekset. Näytteet tutkittiin ESBL-, AmpC- ja karbapenemaasintuottajien varalta. Kokogenomisekvensoinnin avulla selvitettiin bakteerien ja plasmidien sekvenssityypit sekä virulenssi- ja resistenssigeenit. Resistenssigeenejä kantavia plasmideja tutkittiin tarkemmin yhdistämällä Illumina- ja Oxford Nanopore-sekvensointitekniikkaa.
Hanketta rahoittivat Elintarvikkeiden Tutkimussäätiö ja Walter Ehrströmin säätiö. Hanke toteuttiin yhteistyössä Ruokaviraston ja Tullilaboratorion kanssa. Julkaistu artikkeli löytyy osoitteesta: https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.592291