Flygekorrarna har följts upp i Finland med samma metod sedan år 2003. Ursprungligen lottades det ut mer än 10 000 uppföljningsrutor på nio hektar runtom i Finland. I alla rutor söktes det tecken på flygekorren under åren 2003–2005.
Senare har en pott på cirka 1 680 rutor valts ut för kontinuerlig uppföljning. Rutorna fördelas mellan 13 olika forskningsområden och omfattar flygekorrens utbredningsområde från landets södra del ända till gränserna av Kajanaland.
Uppföljningen av flygekorrar finansieras av Miljöministeriet och koordineras vid Luomus. Den bästa kartläggningstiden är från tidig vår till tidig sommar, då avlönade kartläggare letar efter gulaktig spillning vid rötterna av aspar och grövre granar.
Att leta efter spillning är ett noggrant arbete och den tid, en och en halv timme, som reserverats för en ruta går lätt åt vid genomgång av rutor med många grova granar och aspar. Kartläggningen av uppföljningsrutan avslutas så fort den första spillningen hittas, då det är dags att gå vidare till nästa närmast liggande ruta.
Kartläggningen gör det möjligt att bedöma hur flygekorrarnas situation årligen varierar i olika undersökningsområden. På basis av resultaten är det dock inte möjligt att göra en exakt bedömning av storleken på beståndet.
Cirka en tredjedel av skogarna i de rutor som kontinuerligt följts upp har behandlats med till exempel sluthuggning, då de blivit olämpliga för flygekorren. En del av rutorna innehåller bara en liten yta av lämplig skog.
Riktningen av indexet som uppföljningen producerar och storleken på förändringen används vid bedömning av artens hotstatus. År 2019 klassificerades Finlands bestånd av flygekorrar som sårbart.
Materialet från uppföljningen av flygekorrar har använts vid många vetenskapliga undersökningar. När data om förekomsten av flygekorrar kombineras med till exempel skogsdata, får vi information om de livsmiljöer som bäst lämpar sig för arten och vi kan undersöka vilken typ av skog flygekorren behöver för att förekomma i ett visst område.