Donationsmedlen i universitetets grundkapital och fondernas donationsmedel ingår i Helsingfors universitets och Helsingfors universitets fonders gemensamma medelsförvaltning. En gemensam medelsförvaltning innebär att medlen placeras som en helhet. Universitetet garanterar en årlig avkastning på 4 % på donationsmedlen. I samband med behandlingen av bokslutet beslutar universitetets styrelse årligen om den avkastning som överförs till donationsfonderna och om eventuella förvaltningsarvoden.
Fondmedlen placeras i fastigheter, Universitetsapoteket, universitetets forskningsbaserade uppstartsföretag och värdepapper. Värdepappersportföljerna förvaltas av externa portföljförvaltare.
Vid utgången av 2017 uppgick donationsfondernas sammanräknade kapital till 400 miljoner euro. Donationsfondernas avkastning uppgick i genomsnitt till 5 % av kapitalet. Fonderna delade ut stipendier och andra former av stöd för cirka 600 000 euro och finansierade närmare 100 professurer och andra anställningar.
Helsingfors universitets fonder ingår i Helsingfors universitetskoncern. De bokförs tillsammans (självtäckande fond) och består av donationsmedel och traditionella egna medel. Bestämmelser om HU:s fonder finns i universitetslagen (Universitetslagen, 8 kap., 75 §). Styrelse för fonderna är Helsingfors universitetets styrelse. Ett bokslut och en verksamhetsberättelse upprättas årligen över fondernas ekonomi och verksamhet.
Helsingfors universitet har samlat in medel till universitetets (grund)kapital 2010–2011 och fr.o.m. 2014–2017 och den nya perioden med statlig medfinansiering som inleddes 2020 och som löper ut i juni 2022.
Varje fond har egna regler som styr verksamheten. Det är i regel universitetets kvestor som godkänner fondernas regler. I reglerna bestäms bl.a. om fondens syfte och om förvaltningsnämnden och dess uppgifter. Förvaltningsnämnden för varje fond ansvarar för användningen av medlen och beslutar om utlysningen av stipendier och stöd. Förvaltningsnämnderna utnämns av universitetets kvestor. I vetenskapsfondernas förvaltningsnämnder sitter professorer, forskare och lärare, en studentrepresentant och representanter för universitetets administrativa personal. I de självständiga fondernas förvaltningsnämnder sitter representanter för vetenskap och förvaltning och dessutom ofta donatorn eller en person som företräder donatorn. Förvaltningsnämnderna ansvarar för hur fondens medel används.
Styrelse för fonderna är Helsingfors universitetets styrelse. Besluten om inrättandet av en fond, fondens regler och utnämningen av förvaltningsnämnden fattas i regel av universitetets kvestor, i vissa fall av rektorn. Universitetsservicen ansvarar för förvaltningen av fonderna och fungerar i regel som sekreterare i donationsfondernas förvaltningsnämnder. Enheten för samhällsrelationer vid Universitetsservicen ansvarar för donatorrelationer, bereder inrättandet av nya fonder, är redaktör för fondernas årsbok och ordnar fondernas fest. Kvesturen ansvarar för ekonomiförvaltningen och placeringen av donationsmedlen. Universitetets studentservice ansvarar för fondernas stipendieutlysningar.
Helsingfors universitet samlade medel till sitt grundkapital 2010–2011. Medelsinsamlingen startade i och med statens löfte att placera 2,5 euro i universitetens kapital för varje privat donerad euro. Kampanjen samlade in mer än 18,2 miljoner euro i donationer till universitetets grundkapital. Med statens 2,5-faldiga investering uppgår fondens kapital till cirka 64 miljoner euro. Dessa donationsmedel ingår i universitetets grundkapital och hör inte till underkoncernen Helsingfors universitets fonder. Universitetets rektor beslutar om hur den årliga avkastningen av donationsmedlen som ingår i grundkapitalet ska användas.
Helsingfors universitets 375-Framtidsfond ingår också i universitetets grundkapital. Fonden och dess namnfonder (som grundar sig på donationer på minst 10 000 euro) sköts som en del av universitetets medelsförvaltning. Privata donationer som omfattas av statens motfinansieringsprogram riktas till Helsingfors universitets grundkapital. Universitetet använder endast avkastningen.
Beslut om hur avkastningen av donationsmedlen i grundkapitalet ska användas fattas årligen i samband med planeringen av universitetets ekonomi och verksamhet.
Statens motfinansiering innebär att staten lägger till ett visst belopp för varje euro i privata donationer som universiteten får in under perioden 15.6.2020-30.6.2022.