Helsingin yliopiston lahjoitusrahastojen varat ovat osa Helsingin yliopiston rahastojen – yliopiston omien varojen – kokonaisuutta. Lahjoitusvaroja sijoitetaan kokonaisuutena, joten Helsingin yliopisto voi taata rahastojen pääomille vakaan tuoton. Päätökset lahjoitusvarojen jakamisesta tekee kunkin rahaston hoitokunta. Myös yliopiston peruspääomassa on lahjoitusvarojen kokonaisuus, jonka tuoton käytöstä päättää rehtori.