Moniresistentit Escherichia coli -bakteerit tuontikoirilla

Vuonna 2019 tehdyssä selvityksessä havaittiin, että ulkomailta Suomeen tuoduilla koirilla, kuten tarhatuilla katukoirilla, esiintyy poikkeuksellisen paljon ESBL-entsyymiä tuottavia suolistobakteereita. ESBL-entsyymiä tuottavilla bakteereilla on laajakirjoinen kyky pilkkoa mikrobilääkkeitä ja tästä syystä näiden bakteereiden aiheuttamat infektiot ovat tavallista haastavampia hoitaa. Huolestuttavaa on myös se, että resistenssiominaisuudet, kuten ESBL, voivat levitä otollisissa olosuhteissa bakteerilajien välillä.

ESBL- ja muita betalaktamaaseja, kuten plasmidivälitteistä AmpC-entsyymiä tuottavat Escherichia coli (E. coli) -bakteerit ja niiden aiheuttamat infektiot ovat lisääntyneet maailmanlaajuisesti 2000-luvulla. Tästä johtuen on tärkeää tutkia tarkemmin näiden bakteerien leviämistä ja leviämistä edistäviä tekijöitä.

Tämän tutkimushankkeen tavoitteena on kuvata tarkemmin tuontikoirista eristettyjen ESBL/AmpC -tuottavien E. coli -bakteereiden genomisia ominaisuuksia bakteerien kokogenomisekvensoinnin avulla. Kokogenomisekvensoinnin avulla voidaan määrittää bakteereiden resistenssitekijät tavallisia menetelmiä tarkemmin. Kromosomaalisen genomin lisäksi kokogenomisekvensoinnin avulla voidaan kuvata bakteereiden plasmideja, jotka toimivat tärkeinä vektoreina resistenssi- ja virulenssigeenien leviämiselle. Epidemiologisesta näkökulmasta katsoen kokogenomisekvensoinnilla voidaan myös havainnoida bakteerien mahdollisia leviämistapoja sekä kliinisesti merkittävien kantojen sukulaisuutta verrattuna aikaisemmin eristettyihin kantoihin. Erityisesti plasmidien epidemiologian tarkempi ymmärtäminen on tärkeää mikrobilääkeresistenssin torjumisen kannalta. Tutkimuksessa selvitetään lemmikkieläinten roolia mahdollisena tartunnanlähteenä mikrobilääkkeille resistenttien zoonoosibakteerien leviämisessä eläinten ja ihmisten välillä. Tutkimuksessa saatavan tiedon avulla voidaan rakentaa torjuntatoimia mikrobilääkeresistenssin leviämiselle esimerkiksi tuontikoirien pito-olosuhteita ja hygieniaa parantamalla.

Hankkeessa tehdään tutkimusyhteistyötä Ruokaviraston kanssa.