Det är långt tack vare den naturvetenskapliga toppforskningen som Helsingfors universitet har haft framgångar bland världens universitet. Forskningsgrupperna vid matematisk-naturvetenskapliga fakulteten har varit framgångsrika i ansökningen av kompletterande finansiering, så som akademiprofessor- och spetsforskningsenhetsfinansiering från Finlands Akademi samt ERC-finansiering från Europeiska unionen. Inom dessa forskningsfinansieringsformer är tävlingen hårdast och nivån på forskningen högst. Den starkt ökande kompletterande finansieringen har ökat på bredden och djupet hos naturvetenskaplig forskning vid Helsingfors universitet.

Avdelningarna vid fakulteten är med i sex toppforskningsenheter utnämnda av Finlands Akademi. Tre akademiprofessorer utnämnda av Finlands Akademi samt tre utländska FiDiPro-professorer verkar vid fakulteten. För tillfället erhåller nio av forskarna vid fakultetens avdelningar finansiering från ERC.