Musiikkitieteen tutkimuskohteet voivat liittyä mihin tahansa musiikinlajiin, ajanjaksoon ja kulttuuriin. Metodisesti musiikintutkimus ammentaa musiikkia koskevien teorioiden ja analyysitapojen lisäksi muun muassa kulttuurintutkimuksesta, filosofiasta, estetiikasta, antropologiasta, historiantutkimuksesta, sosiologiasta, psykologiasta, sukupuolentutkimuksesta, mediateorioista ja tietotekniikasta. Musiikkitieteessä tehdään myös tanssin ja äänen tutkimusta.