Elintarvikkeiden mikrobiomit
Elintarvikemikrobiomilla tarkoitetaan elintarvikkeessa sen elinkaaren aikana lisääntyvää mikrobiyhteisöä. Tutkimme osastolla elintarvikemikrobiomeissa tapahtuvia vuorovaikutussuhteita, jotta ymmärtäisimme paremmin, miten elintarvikevalmistuksen kannalta haitalliset pilaajabakteerit saavuttavat valta-aseman mikrobiomissa.
Den svenska översättningen är under arbete.

Elintarvikemikrobiomilla tarkoitetaan elintarvikkeessa sen elinkaaren aikana lisääntyvää mikrobiyhteisöä. Tämän yhteisön kasvuun vaikuttavat elintarvikkeen ravinteet, vesipitoisuus, happamuus ja sen valmistuksessa käytetyt lisäaineet, tai elintarvikkeessa itsessään olevat antimikrobiset aineet. Nykyelintarvikkeiden mikrobiomeja muokkaavat myös valmistusprosessit, kylmäketju ja pakkausteknologiat. Elintarvikemikrobiomeilla on suora yhteys elintarvikkeiden säilyvyyteen ja pilaantumiseen. Säilytysaikana elintarvikemikrobiomi on dynaamisessa muutoksessa, sillä yhteisön sisällä vaikuttavat erilaiset kilpailuasetelmat, ja toisaalta myös mutualistiset vuorovaikutussuhteet johtavat joidenkin lajien kasvuun vallitseviksi (sukkessio), kun osa lajistosta hiipuu taustalle eikä muodosta merkittävää osaa mikrobiomissa. Tutkimme osastolla elintarvikemikrobiomeissa tapahtuvia vuorovaikutussuhteita, jotta ymmärtäisimme paremmin, miten elintarvikevalmistuksen kannalta haitalliset pilaajabakteerit saavuttavat valta-aseman mikrobiomissa.

Oheinen kuva esittää osastollamme toteutettavan Novo Nordisk Fondenin rahoittaman Distinguished Investigator -hankkeemme perustaa. Etsimme mikrobiomin kasvuun liittyviä markkerigeenejä, joita yhdistämme elintarvikkeen aistittavien ominaisuuksien muutoksiin. Kuvassa näkyvä musta käyrä on bakteeriviljelyn antama kuva mikrobiomin kasvusta (konsentraatio mikrobeita grammassa elintarviketta) elintarvikkeen säilytyksen aikana: vasemmalla nopea kasvuvaihe, jonka aikana elintarvikkeen aistittava laatu on hyvä, keskellä pilaantumassa oleva elintarvike ja oikealla pilaantunut. Kuva osoittaa, kuinka mikrobiomin eri lajiosuudet muuttuvat ajan myötä ja kuinka erilaiset toiminnot ovat pinnalla säilyvyysajan edetessä. Myös merkittävien aineenvaihduntaa säätelevien metabolisten reittien geeniaktiviteetit muuttuvat elintarvikkeen mikrobiologisen pilaantumisen edetessä. Mikäli löydämme hyviä pilaantumista ilmentäviä geenimarkkereita, niitä voitaisiin hyödyntää tulevaisuudessa indikaattoreina, jotka kuvaavat ja ennustavat elintarvikkeen laadun muuttumista.