Universitetens resultat mäts bl.a. med antalet examina och publikationer. De utgör grunden för hur mycket finansiering staten beviljar varje enskilt universitet. Utöver basfinansieringen skaffar universitetet extern forskningsfinansiering. Helsingfors universitets finansiering minskade drastiskt 2016 och ekonomin anpassas med hjälp av ett omfattande förändringsprogram som sträcker sig över flera år.

Helsingfors universitet finansierar också sin verksamhet med intäkter från egendom. Egendomen består huvudsakligen av fastigheter som är i universitetets eget bruk. Universitetet placerar också i värdepapper och äger bolag.