Tähtäimessä keinoja löytää syöpä verinäytteistä

Sekä Helsingin yliopistossa että Amsterdam UMC:ssä väitöskirjaa tekevän Parisa Mapar kehittää algoritmejä, joiden avulla voidaan analysoida verinäytteistä löytyvää kasvainten DNA:ta.

Parisa Mapar: Mikä on väitöskirjatutkimuksesi ydin? 

Tutkin, miten koneoppimisen tekniikoita voidaan soveltaa nestemäisiin näytteisiin syövän ja sen uudistumisen varhaiseksi huomaamiseksi. Keskityn löytämään verinäytteistä saadusta datasta syövästä kertovia biomarkkereita. Tarkemmin sanottuna kehitän algoritmejä analysoimaan verinäytteistä löytyvää kasvainten DNA:ta. 

Tarkoitukseni on pystyä tunnistamaan verinäytteestä syövän olemassaolo, määritellä kasvaimen tyyppi ja ennustaa syövän uusiutumisriski. Verinäytteiden tarkastelu on erinomainen menetelmä syöpäseulontaan ja syövän tarkkailuun. 

Kuinka päädyit tutkimaan tätä aihetta ja tekemään väitöskirjaa? 

Minua kuusi vuotta vanhempi sisareni opiskeli sähkötekniikkaa Iranissa. Tällä hetkellä hän on tutkijatohtorina Harvardin lääketieteellisessä koulussa. Sisareni intohimo tietojenkäsittelytieteitä ja sähkötekniikkaa kohtaan vaikutti vahvasti päätökseeni tähdätä tietotekniikan alan kandidaatintutkintoon. 

Kiinnostukseni laskennallisten menetelmien mahdollisuuksista ratkaista monimutkaisia biologisia ongelmia sytytti kiinnostukseni bioinformatiikkaan. Siitä innostuin todella maisteriopintojeni aikana Aalto-yliopistossa. 

Tällä hetkellä teen yhteistä väitöskirjaa kolmeen eri yliopistoon. Aloitin sen 2021 Helsingin yliopistossa, ja 2023 mukaan tulivat alankomaalaiset Amsterdamin UMC ja Vrije Universiteit. Alankomaissa väitöskirjan tulee valmistua neljässä vuodessa, joten minulla on vielä kolme vuotta jäljellä.  

Olen onnekas, kun olen saanut kolme ohjaajaa kolmesta eri maasta: yksi Manchesterin yliopistosta Englannista, toinen Amsterdam UMC:stä ja kolmas Helsingin yliopistoon kuuluvasta Molekyylilääketieteen instituutista (FIMM). 

Miten kuvaisit työsi merkitystä yhteiskunnalle? 

Työlläni on merkittävää vaikutusta terveydenhoidolle. Kun syöpä tai sen uusiutuminen havaitaan aikaisin, hoidon tulokset paranevat merkittävästi. Myös terveydenhuollon kustannukset alenevat ja syöpäkuolleisuus laskee. Kaikilla näillä on erityisesti merkitystä yhteisöissä, joissa on rajallinen pääsy perinteisiin diagnostisiin menetelmiin. 

Verinäytteiden otto on helppoa, joten niitä voidaan ottaa säännöllisesti kasvainten kasvun tai hoidon toimivuuden seuraamiseksi. Samalla ne tarjoavat lisätietoa yksilöllistettyyn syöpähoitoon. 

Millaisia tulevaisuudensuunnitelmia sinulla on? 

Tohtorinväitökseni jälkeen ajattelen jatkavani biolääketieteellisen tutkimuksen parissa joko akateemisessa ympäristössä tai biotekniikkateollisuudessa. Toivon eräänä päivänä johtavani omaa tutkimusryhmää, koska tutkimus on lähinnä sydäntäni. 

Mitä neuvoja antaisit sille, joka on tohtoriopintojensa alkuvaiheessa? 

Ensiksikin neuvon sinua valitsemaan aiheen, jota kohtaan tunnet aidosti intohimoa. Matka tohtorintutkintoon on vaativa, ja oma kiinnostuksesi ja intohimosi kannustavat sinua eteenpäin. Käytä aikaa varmistuaksesi aiheestasi ennen kuin lähdet polulla eteenpäin. 

Ole avoin matkallasi kohtaamistasi ongelmista ja haasteista. Se auttaa sekä sinua että muita samanlaisessa tilanteessa olevia. 

Etsi mentorointia aina kun se on mahdollista. Osallistu väitöskirjatutkijoiden kokouksiin, sillä sieltä saat vertaistukea.  

Minulle todellinen silmät avaava kokemus oli ainutkertainen mahdollisuus osallistua kansainväliseen nuorille tutkijoille tarkoitettuun kokoukseen (Global Young Scientists Summit) Singaporessa tammikuussa 2024. Nobel-palkittujen sekä muiden urallaan pitkälle edenneiden tutkijoiden tapaaminen henkilökohtaisesti oli uskomattoman hienoa! Oli hyvin innostavaa nähdä, kuinka he hahmottavat tieteen maailmanlaajuiseksi yhteistyöksi pikemminkin kuin kilpailuksi. 

Ja lopuksi tärkein: muista pitää työsi ja hyvinvointisi keskenään tasapainossa!

 

Parisa Mapar
  • Syntynyt Iranissa, asuu Alankomaissa  
  • Tietokonetekniikan kandidaatintutkinto Azadin yliopistosta Teheranista vuonna 2012, pääaineena laitteistotekniikka  
  • Tietojenkäsittelytieteen, viestinnän ja informaatiotekniikan maisterintutkinto Aalto-yliopistosta vuonna 2018, pääaineena tietoliikennetekniikka, sivuaineena koneoppiminen ja tiedonlouhinta. Maisterintutkielman aihe: Machine learning for enzyme promiscuity  
  • Väitöskirjatutkija Helsingin yliopiston integroivien biotieteiden tohtoriohjelmassa vuodesta 2021 sekä Amsterdam UMC -yliopistosairaalassa ja Amsterdamin vapaassa yliopistossa Alankomaissa vuodesta 2023 (yhteistutkinto). Väitöskirjan aihe: Analysis of cell-free DNA fragmentation patterns through machine learning methods to detect cancer  
  • Töissä Suomen molekyylilääketieteen instituutissa ja Cancer Center Amsterdam -tutkimuslaitoksessa
  • Rahoitus: Helsingin yliopiston tutkijakoulu ja säätiöt
  • Parisa Mapar Helsingin yliopiston tutkimusportaalissa