Helsingin yliopisto jakaa vuosittain Pacius-palkinnon henkilölle tai yhteisölle, joka on merkittävällä tavalla edistänyt yliopiston musiikkielämää. Palkinto korostaa luovan säveltaiteen pitkää historiallista perinnettä Helsingin yliopistossa sekä sen elävää harjoitusta nykyisinkin olennaisena osana yliopistoyhteisön omaa musiikkielämää. Palkintosumma on 4000 euroa.
– Kiitos Helsingin yliopistolle, palkinto on upea kunnianosoitus vuodesta 1969 Synkoopissa tehdystä työstä. Palkinto antaa meille uusia mahdollisuuksia järjestää jäsenillemme toimintaa ja ehkä lähivuosina kenties jonkun opintomatkankin. Olemme Synkoopissa tehneet paljon edunvalvontatyötä tämänhetkisessä vaikeassa koulutuspoliittisessa tilanteessa, joten tuntuu merkittävältä saada siitä kiitosta. Palkinto antaa motivaatiota ja jaksamista ajaa musiikkitieteen etua jatkossakin vielä kovemmalla tarmolla. Taas kerran saa olla ylpeä omasta ainejärjestöstä ja siitä, että opiskelee musiikkitiedettä, iloitsee Synkoopin varapuheenjohtaja Emmi Keski-Nikkola.
Pacius-palkinto perustettiin 1991 yliopiston ensimmäisen musiikinopettajan, Fredrik Paciuksen muistoksi. Suomeen Pacius muutti 25-vuotiaana vuonna 1835 ja aloitti samana vuonna musiikinopettajana Helsingin yliopistossa; tätä tehtävää hän hoiti 35 vuotta. Aloittaessaan Helsingin yliopiston musiikinopettajana Pacius kokosi osakuntakuoroista, -kvarteteista ja muista ylioppilaslaulajista vuonna 1838 Akateemisen Lauluseuran, jota hän johti vakituisesti vuoteen 1846. Lisäksi Pacius harjoitutti Akateemista kapellia kaksi kertaa viikossa ja antoi yksityisopetusta halukkaille.
Paciuksen tehtäviin yliopiston musiikinopettajana kuului myös akateemisten juhlateosten säveltäminen ja noin 60 teosta käsittävä mieskuorolaulutuotanto liittyy olennaisesti ylioppilaskuoroihin, joiden kanssa Pacius jo virkansakin puolesta työskenteli. Paciuksen tunnetuin kuoroteos on Vårt land, Maamme-laulu, joka syntyi 1848 ylioppilaiden Flooran-päivän kevätjuhlaa varten.