Helsingin yliopistossa on neljä tutkijakoulua, jotka muodostuvat tohtoriohjelmista. Tutkijakoulujen alat eivät noudata tiedekunta- tai kampusrakennetta, vaan perustuvat yhteistyöhön tutkimuksessa ja tohtorikoulutuksessa.
Helsingin yliopiston tutkijakoulut ja tohtoriohjelmat
Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan tohtorikoulutettavat voivat kuulua yhteen seuraavista 12 tohtoriohjelmasta:
Ympäristö-, elintarvike- ja biotieteellinen tutkijakoulu, YEB
- Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelma (AGFOREE)
- Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelma (MBDP)
- Ruokaketjun ja terveyden tohtoriohjelma (FoodHealth)
- Kasvitieteen tohtoriohjelma (DPPS)
- Luonnonvaraisten eliöiden tutkimuksen tohtoriohjelma (LUOVA)
- Ympäristöalan tieteidenvälinen tohtoriohjelma (DENVI)
Luonnontieteellinen tutkijakoulu
Terveyden tutkimuksen tutkijakoulu, TT
- Väestön terveyden tohtoriohjelma (DocPoP)
- Integroivien biotieteiden (ILS)
- Kliinisen eläinlääketieteen tohtoriohjelma (CVM)
Humanistis-yhteiskuntatieteellinen tutkijakoulu, HYMY
- Kansantaloustieteen tohtoriohjelma (DPE)
- Poliittisten, yhteiskunnallisten ja alueellisten muutosten tohtoriohjelma (PYAM)
Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelmaa (AGFOREE) ja Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelmaa (MBDP) koordinoidaan maatalous-metsätieteellisessä tiedekunnassa.