Maatalous-metsätieteellisessä tiedekunnassa koordinoidaan Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelmaa (AGFOREE) ja Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelmaa (MBDP). Ohjelmakohtaiset hakuohjeet ja hakuajat löytyvät kyseisen tohtoriohjelman kotisivulta.
Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan tohtorikoulutettavat voivat kuulua yhteen seuraavista 12 tohtoriohjelmasta: