Helsingin yliopistossa on neljä tutkijakoulua, jotka muodostuvat tohtoriohjelmista. Tutkijakoulujen alat eivät noudata tiedekunta- tai kampusrakennetta, vaan perustuvat yhteistyöhön tutkimuksessa ja tohtorikoulutuksessa. Helsingin yliopiston tutkijakoulut ja tohtoriohjelmat
Maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan tohtorikoulutettavat voivat kuulua yhteen seuraavista 12 tohtoriohjelmasta:
Ympäristö-, elintarvike- ja biotieteellinen tutkijakoulu (YEB)
- Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelma (AGFOREE)
- Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelma (MBDP)
- Ruokaketjun ja terveyden tohtoriohjelma (FoodHealth)
- Kasvitieteen tohtoriohjelma (DPPS)
- Luonnonvaraisten eliöiden tutkimuksen tohtoriohjelma (LUOVA)
- Ympäristöalan tieteidenvälinen tohtoriohjelma (DENVI)
Luonnontieteellinen tutkijakoulu (DONASCI)
- Ilmakehätieteiden tohtoriohjelma (ATM-DP)
Terveyden tutkimuksen tutkijakoulu (TT)
- Väestön terveyden tohtoriohjelma (DocPoP)
- Kliinisen eläinlääketieteen tohtoriohjelma (CVM)
- Integroivien biotieteiden tohtoriohjelma (ILS)
Humanistis-yhteiskuntatieteellinen tutkijakoulu (HYMY)
- Taloustieteen tohtoriohjelma (DPE)
- Poliittisten, yhteiskunnallisten ja alueellisten muutosten tohtoriohjelma (PSRC)
Uusiutuvien luonnonvarojen kestävän käytön tohtoriohjelmaa (AGFOREE), Ruokaketjun ja terveyden tohtoriohjelma (FoodHealth) ja Mikrobiologian ja biotekniikan tohtoriohjelmaa (MBDP) koordinoidaan maatalous-metsätieteellisessä tiedekunnassa.