Kerran vuodessa tohtoriohjelmassa avataan hakuun yliopiston rahoittamia väitöskirjatutkijan palkallisia tehtäviä. Näihin tehtäviin valittavat väitöskirjatutkijat tekevät väitöskirjatutkimustaan työsuhteessa yliopistoon. Tehtäviä voivat hakea sekä Helsingin yliopiston nykyiset väitöskirjatutkijat että kokonaan uudet hakijat.