Yliopistojen toiminnan tuloksellisuutta mitataan mm. tutkintojen ja julkaisujen määrällä. Näiden perusteella määritetään se, kuinka paljon kukin yliopisto saa valtion rahoitusta. Perusrahoituksen lisäksi yliopisto hakee täydentävää tutkimusrahoitusta eri lähteistä. Helsingin yliopiston rahoitus väheni voimakkaasti vuonna 2016 ja talouden sopeuttamista toteutetaan laajan monivuotisen muutosohjelman avulla.

Helsingin yliopisto rahoittaa toimintaansa lisäksi oman omaisuutensa tuotoilla. Suurimman osan omaisuudesta muodostavat omassa käytössä olevat kiinteistöt. Yliopisto harjoittaa myös arvopaperisijoittamista ja omistaa yhtiöitä.