Helsingin yliopiston menestys maailman yliopistojen joukossa on pitkälti luonnontieteellisen huippututkimuksemme ansiota. Matemaattis-luonnontieteellisen tiedekunnan tutkimusryhmät ovat menestyneet täydentävän rahoituksen hauissa, kuten Suomen Akatemian akatemiaprofessuuri- ja huippuyksikkörahoituksessa sekä Euroopan unionin ERC-rahoituksessa. Näissä tutkimuksen rahoitusmuodoissa kilpailu on kovinta ja tieteen taso korkein. Voimakkaasti kasvanut täydentävä rahoitus on lisännyt Helsingin yliopiston luonnontieteellisen tutkimuksen laajuutta ja syvyyttä.

Tiedekunnan osastot ovat mukana kuudessa Suomen Akatemian nimeämässä huippututkimusyksikössäTiedekunnassa toimii kolme Suomen Akatemian nimittämää akatemiaprofessoria ja kolme ulkomaista FiDiPro-professoria. Tällä hetkellä tiedekunnan osastoilla toimii yhdeksän kilpaillun monivuotisen ERC-rahoituksen saanutta tutkijaa.