Liito-oravia on Suomessa seurattu samalla menetelmällä vuodesta 2003 lähtien. Alun perin eri puolille Suomea arvottiin yli 10 000 pinta-alaltaan yhdeksän hehtaarin laajuista seurantaruutua, joilta kaikilta etsittiin merkkejä liito-oravasta vuosien 2003–2005 aikana.
Sittemmin jatkuvaan seurantaan on valikoitunut mukaan noin 1 680 ruudun potti, jotka jakautuvat 13 eri tutkimusalueelle ja kattavat liito-oravan levinneisyysalueen maan eteläosasta aina Kainuun rajoille asti.
Liito-oravaseurannan toteuttamista rahoittaa Ympäristöministeriö ja sitä koordinoidaan Luomuksessa. Paras kartoitusaika on alkukeväästä alkukesään asti, jolloin palkatut kartoittajat etsivät kellertäviä papanoita haapojen ja järeämpien kuusien juurilta.
Papanoiden etsiminen on tarkkaa työtä ja paljon järeitä kuusia ja haapoja sisältävien ruutujen läpikäymiseen kuluu helposti yhdelle ruudulle varattu puolitoistatuntinen. Seurantaruudun kartoittaminen lopetetaan heti, kun ensimmäinenkin papana löytyy, jolloin on aika siirtyä seuraavalle lähimpänä olevalle ruudulle.
Kartoituksen avulla pystytään arvioimaan, miten liito-oravien tilanne vuosittain vaihtelee eri tutkimusalueilla. Tulosten perusteella ei kuitenkaan voida muodostaa tarkkaa arviota kannan koosta.
Noin kolmannes jatkuvassa seurannassa olleiden ruutujen metsistä on käsitelty esimerkiksi päätehakkuilla, jolloin niistä on tullut liito-oravalle sopimattomia ja osa ruuduista sisältää enää vain pienen alan sopivaa metsää.
Seurannan tuottaman indeksin suuntaa ja muutoksen suuruutta käytetään lajin uhanalaisuustarkastelussa. Vuonna 2019 Suomen liito-oravakanta luokiteltiin vaarantuneeksi.
Liito-oravaseurannan aineistoa on käytetty monissa tieteellisissä tutkimuksissa. Kun liito-oravan esiintymistietoa yhdistetään esimerkiksi metsävara-aineistoihin, saadaan tietoa lajille parhaiten sopivista elinympäristöistä ja voidaan tutkia, millaista metsää liito-orava tarvitsee esiintyäkseen tietyllä alueella.