Helsingfors universitet är ett av världens främsta mångvetenskapliga forskningsuniversitet. Universitetet är det enda i Finland som hör till den år 2002 grundade sammanslutningen för Europas främsta forskningsuniversitet LERU (League of European Research Universities). Doktoranderna skriver sina doktorsavhandlingar under handledning av toppforskare och som medlemmar av ett internationellt forskarsamhälle.

Doktorsutbildningen ges vid universitetets fyra forskarskolor som har 32 doktorandprogram sammanlagt. I doktorsexamen ingår utöver forskning också studier inom doktorandens vetenskapsområde samt karriärvägledning och studier som förbereder för arbetslivet. Undervisningsspråket i doktorsutbildningen är i huvudsak engelska. Universitetet har 4 700 doktorander, av vilka en fjärdedel är internationella studerande. Årligen utexamineras 450 doktorer.