Yliopiston Apteekki maksaa apteekkimaksun ja yhteisöveron Suomen valtiolle samalla tavalla kuin muutkin suomalaiset apteekit.

Apteekkimaksu määräytyy liikevaihdon perusteella ja sen suuruutta säätelee apteekkimaksusta annettu laki. Keskimäärin suomalaisten apteekkien maksama apteekkimaksu on noin seitsemän prosenttia. Yliopiston Apteekki maksaa apteekkimaksua 11,2 % liikevaihdostaan. Apteekkimaksun tarkoituksena on turvata maankattavat apteekkipalvelut ja tasata apteekkien välisiä tuloeroja. Lisätietoa apteekkimaksusta Fimean sivuilla.

Yhteisövero, eli yhteisön tulovero, on Suomessa yhteisön tuloksesta perittävä vero. Verokanta on vuodesta 2014 alkaen ollut 20 prosenttia.

Helsingin yliopisto sai vuoteen 2016 saakka valtiolta yhteisöveron ja apteekkimaksun summaa vastaavan korvauksen. Helsingin yliopiston lisäksi Itä-Suomen yliopisto sai vastaavan korvauksen oman apteekktoimintansa osalta.

Korvauksen määrä vuositasolla on Helsingin yliopistolle ollut yhteensä noin 31 miljoonaa euroa (apteekkimaksu ja yhteisövero yhteensä) ja se on tärkeä osa yliopiston perusrahoitusta. Sitä käytetään yliopiston opetuksen ja tutkimuksen rahoittamiseen.

Vapaaehtoinen korvaus yliopistoille

Helsingin yliopisto on maksanut vuosittain reseptien määrään sidotun vapaaehtoisen korvauksen niille suomalaisille yliopistoille ja korkeakouluille, joiden vaikutusalueella on Yliopiston Apteekin toimipisteitä.

Vuodesta 2016 eteenpäin tämä maksu jää pois.