Yliopiston omaisuutta hoidetaan Helsingin yliopiston arvopaperisalkun lisäksi Helsingin yliopiston rahastoissa ja Helsingin Yliopistokiinteistöt Oy:ssä sekä näiden kummankin muodostamissa konserneissa. Nämä yhdessä varsinaisen opetus- ja tutkimusyliopiston sekä kahden säätiön kanssa muodostavat Helsingin yliopistokonsernin. Omaisuus koostuu pääosin kiinteistöistä, arvopapereista sekä osakeyhtiöistä. Konsernin kokonaistuotot vuonna 2017 olivat 1,1 miljardia euroa ja tase lähes 1,7 miljardia euroa. Konsernin tulos vuonna 2017 oli 33 miljoonaa euroa, omavaraisuusaste 68 %.