Valtiotieteellisen tiedekunnan tohtorikoulutus järjestetään tohtoriohjelmissa, ja haku tohtoriopintoihin tapahtuu myös tohtoriohjelmien kautta. Valtiotieteellinen tiedekunta koordinoi kolmea tohtoriohjelmaa: Taloustieteen tohtoriohjelma (DPE), Poliittisten, yhteiskunnallisten ja taloudellisten muutosten tohtoriohjelma (PYAM) ja Sosiaalitieteiden tohtoriohjelma.
Jatkokoulutus tähtää ensijassa tohtorin tutkintoihin, mutta halutessaan jatko-opiskelija voi suorittaa myös lisensiaatin tutkinnon. Valtiotieteellisessä tiedekunnassa suoritettavia jatkotutkintoja ovat valtiotieteiden lisensiaatin tutkinto ja valtiotieteiden tohtorin tutkinto.
