Tohtorikoulutusta varten Helsingin yliopistossa toimii neljä tutkijakoulua, joissa on yhteensä 32 tohtoriohjelmaa. Tohtorikoulutettavat tekevät väitöstutkimustaan huippututkijoiden ohjauksessa osana kansainvälistä tiedeyhteisöä. Helsingin yliopisto kuuluu ainoana suomalaisena yliopistona Euroopan parhaiden tutkimusyliopistojen liittoon LERUun (League of European Research Universities) ja on jäsen eurooppalaisten yliopistojen tohtorikoulutusneuvostossa (EUA Council for Doctoral Education).

Tutkimustyön lisäksi tohtorin tutkintoon kuuluu oman tieteen- tai tutkimusalan opintoja sekä työelämään valmentavaa koulutusta ja uraohjausta. Tohtorikoulutuksessa opetuskielenä on pääosin englanti. Yliopistossa on 4700 tohtorikoulutettavaa, joista neljännes on kansainvälisiä opiskelijoita. Vuosittain valmistuu 500 tohtoria.

Tohtorin tutkinnon suoritusoikeutta Helsingin yliopistoon voi hakea tohtoriohjelmasta riippuen 2-4 kertaa vuodessa.

Yliopiston rahoittamat tohtorikoulutettavan työsuhteiset tehtävät, ns. palkkapaikat, ovat haettavissa kerran vuodessa.