Osana farmaseutin tutkintoa suoritetaan kuuden kuukauden harjoittelu, joka on jaettu kahteen 3 kuukauden jaksoon (yhteensä 30 opintopistettä). Harjoittelujaksoista toinen tapahtuu aina suomalaisessa avohuollon apteekissa. Toisen jakson voi halutessaan suorittaa sairaala-apteekissa tai ulkomailla sijaitsevassa avohuollon tai sairaala-apteekissa.
Tutkintoon kuuluvan harjoittelun tarkoituksena on tutustuttaa opiskelijoita käytännön työelämään sen jälkeen, kun yliopistolla on ensin kerrytetty riittävä teoriapohja harjoittelua varten. Ensimmäisellä harjoittelujaksolla keskitytään farmaseuttisten perusvalmiuksien opetteluun, kuten lääkkeiden toimittamiseen ja lääkeneuvontaan, sekä tutustutaan apteekin toimintaperiaatteisiin. Toisella harjoittelujaksolla syvennetään osaamista ja edetään vaativampiin farmaseuttisiin tehtäviin, kuten lääkehoitojen seurantaan ja arviointiin.
Harjoittelujaksoilla on omat työkirjansa, joilla pyritään varmistamaan tasalaatuinen harjoittelu ja osaamistavoitteiden saavuttaminen. Osana 1. harjoittelua opiskelijat muun muassa osallistuvat harjoittelupaikkansa henkilökunnan täydennyskoulutukseen järjestämällä toimipaikkakoulutuksen. Toisella harjoittelujaksolla opiskelijat osallistuvat apteekin sidosryhmäyhteistyöhön. Opiskelijat ovat esimerkiksi järjestäneet lääkekasvatustunteja koululaisille ja tilaisuuksia ikääntyville lääkkeiden turvallisesta käytöstä kotioloissa.
Harjoittelupaikkoina toimivat Yliopiston Apteekki sivuapteekkeineen, lähes 300 yksityistä apteekkia pääkaupunkiseudulla ja muualla Suomessa sekä HUS Apteekki ja muut sairaala-apteekit.