Verkostot farmasian ja lähialojen kaikkiin toimijoihin ovat kiinteät ja aktiiviset sekä kansallisella että kansainvälisellä tasolla.
Kansainvälisiä kumppanuuksia löytyy Pohjoismaiden ja Euroopan lisäksi erityisesti Aasiasta ja Pohjois-Amerikasta. Tiedekunta on aktiivisesti mukana Euroopan farmasian tiedekuntajärjestön (EAFP) toiminnassa sekä kansainvälisessä tutkijankoulutuksessa mm. ULLA-verkostossa, joka kattaa parhaat eurooppalaiset farmasian alan tutkimusyliopistot.
Tiedekunta on mukana useissa Helsingin yliopiston strategisen tutkimuksen profiloitumishankkeissa, Suomen Akatemian lippulaivaohjelmissa sekä tutkimusverkostoissa.