Tiedekuntaa johtaa dekaani, joka valitaan neljän vuoden toimikaudeksi.  Tiedekuntaneuvosto on tiedekunnan monijäseninen hallintoelin, jonka puheenjohtajana toimii dekaani. 

Humanistisessa tiedekunnassa osastojen tehtävänä on tukea tiedekuntaa saavuttamaan sille asetetut tavoitteet ja edistää sekä kehittää tiedekunnassa harjoitettavaa tutkimustoimintaa sekä koulutusta tiedekunnan linjausten mukaisesti.