Elin­tar­vi­ke­hy­gie­nian ja ym­pä­ris­tö­ter­vey­den tutkimus on keskittynyt elintarvikehygieniaan, ympäristöterveyteen, toksikologiaan sekä ympäristöterveydenhuollon valvontaan. Lisäksi tutkimusta tehdään lihantarkastuksessa ja teurastamohygieniassa. Valvonnan tutkimus muodostaa hyvän parin molekyylibiologiselle tutkimukselle. Yhdessä ne luovat vahvan elintarvike- ja ympäristöhygieenisen osaamisalueen.

Elintarvikehygienian ja ympäristöterveyden osaston tutkimus on vahvasti sidoksissa elintarviketurvallisuudesta nouseviin käytännön ongelmiin. Korkeatasoisen tutkimuksen perustana ovat nykyaikaiset tutkimusmenetelmät, joiden hallitsemiseen panostetaan myös tutkijakoulutuksessa. Yksi osaston tärkeä painopistealue on toiminnallisen genomiikan tutkimus, jonka avulla voidaan tunnistaa esimerkiksi bakteerien kylmäsiedosta vastaavia geenejä.

Vuosina 2008–2013 osastolla toimi yhdessä eläinlääketieteellisten biotieteiden osaston kanssa Suomen Akatemian nimittämä Mikrobiologisen elintarviketurvallisuuden tutkimuksen huippuyksikkö. Lisätietoa Suomen Akatemian sivulta.