Applied Tumor Genomics Research (ATG)

Applied Tumor Genomics Research Program aims to advance the understanding of the genetic and environmental signals that lead to neoplasia: improving the knowledge of the function of the coding and noncoding genome, exploiting the public data, and creating and analyzing new key data sets from highly selected patient populations.
Program director

Lauri Aaltonen



Biomedicum 1

Haartmaninkatu 8

00014 University of Helsinki

tel. +358 2941 25595
  • Outi Kilpivaara - 
  • Sirpa Leppä - 
  • Outi Monni - 
  • Päivi Pihlajamaa -
  • - 
  • Ari Ristimäki - 
  • Biswajyoti Sahu - 
  •  -
  • Pia Vahteristo - 
  • Oskari Heikinheimo 
  • Minna Pöyhönen 
  • Laura Renkonen-Sinisalo 
  • Ulla Wartiovaara-Kautto
Events
  • ATG Science Day, 24 October 2025
  • ATG Science Day, 25 October 2024
Key Pub­lic­a­tions from ATG
  • Morgunova E, Nagy G, Yin Y, Zhu F, Nayak SP, Xiao T, Sokolov I, Popov A, Laughton C, Grubmuller H, Taipale J. . Nat Struct Mol Biol. 2025 Apr;32(4):650-661.
  • Xie Z, Sokolov I, Osmala M, Yue X, Bower G, Pett JP, Chen Y, Wang K, Cavga AD, Popov A, Teichmann SA, Morgunova E, Kvon EZ, Yin Y, Taipale J.Nature. 2025 May;641(8065):1329-1338. doi: 10.1038/s41586-025-08844-z. Epub 2025 Apr 9. Erratum in: Nature. 2025 Jun;642(8069):E26.
  • Kim S, Morgunova E, Naqvi S, Goovaerts S, Bader M, Koska M, Popov A, Luong C, Pogson A, Swigut T, Claes P, Taipale J, Wysocka J. Cell. 2024 Feb 1;187(3):692-711.e26.
  • de Boer CG, Taipale J. Nature. 2024 Jan;625(7993):41-50.
  • Sanjaya P, Maljanen K, Katainen R, Waszak SM; Genomics England Research Consortium; Aaltonen LA, Stegle O, Korbel JO, Pitkänen E. . Genome Med. 2023 Jul 7;15(1):47.
  • Hakkarainen M, Kaaja I, Douglas SPM, Vulliamy T, Dokal I, Soulier J, Larcher L, Peffault de Latour R, Leblanc T, Sicre de Fontbrune F, Siitonen T, Lohi O, Hellström-Lindberg E, Barbany G, Tesi B, Shimamura A, Beier F, Jackson S, Kuperman AA, Falik Zaccai T, Tamary H, Mecucci C, Capolsini I, Jahnukainen K, Salmenniemi U, Niinimäki R, Varilo T, Kilpivaara O*, Wartiovaara-Kautto U*. . Blood. 2023;141(23):2853-66.
  • Sahu B, Hartonen T, Pihlajamaa P, Wei B, Dave K, Zhu F, Kaasinen E, Lidschreiber K, Lidschreiber M, Daub CO, Cramer P, Kivioja T & Taipale J. . Nat Genet 54, 283–294 (2022).
  • Kuisma H, Bramante S, Rajamäki K, Sipilä LJ, Kaasinen E, Kaukomaa J, Palin K, Mäkinen N, Sjöberg J, Sarvilinna N, Taipale J, Kauppi L, Tumiati M, Hassinen A, Pitkäniemi J, Jalkanen J, Heikkinen S, Pasanen A, Heikinheimo O, Bützow R, Välimäki N & Aaltonen LA. . Nature Communications. 12, 1, 5448, Sep 2021.
  • Berta DG, Kuisma H, Välimäki N, Räisänen M, Jäntti M, Pasanen A, Karhu A, Kaukomaa J, Taira A, Cajuso T, Nieminen S, Penttinen R-M, Ahonen S, Lehtonen R, Mehine M, Vahteristo P, Jalkanen J, Sahu B, Ravantti J, Mäkinen N, Rajamäki K, Palin K, Taipale J, Heikinheimo O, Bützow R, Kaasinen E & Aaltonen LA. . Nature 596, 398-403, 2021.
  • Sahu B, Pihlajamaa P, Zhang K, Palin K, Ahonen S, Cervera A, Ristimäki A, Aaltonen LA, Hautaniemi S & Taipale J. . Oncogene 40, 5533–5547 (2021).
  • Rajamäki K, Taira A, Katainen R, Välimäki N, Kuosmanen A, Plaketti R-M, Seppälä TT, Ahtiainen M, Wirta E-V, Vartiainen E, Sulo P, Ravantti J, Suvi Lehtipuro S, Granberg K, Nykter M, Tanskanen T, Ristimäki A, Koskensalo S, Renkonen-Sinisalo L, Lepistö A, Böhm J, Taipale J, Mecklin J-P, Aavikko M, Palin K & Aaltonen LA. . Gastroenterology 161:2, 592-607, Aug 2021.
  • Mehine M, Khamaiseh S, Ahvenainen T, Heikkinen T, Äyräväinen A, Pakarinen P, Härkki P, Pasanen A, Bützow R, Vahteristo P.  Cancers, 2020, 12:3839.
  • Holm M, Andersson E, Osterlund E, Ovissi A, Soveri LM, Anttonen AK, Kytölä S, Aittomäki K, Österlund P, Ristimäki A.  PlosOne, 2020, 15(11).
  • Karvonen H, Arjama M, Kaleva L, Niininen W, Barker H, Koivisto-Korander R, Tapper J, Pakarinen P, Lassus H, Loukovaara M, Bützow R, Kallioniemi O, Murumägi A and Ungureanu D.  Cell Death and Disease, 2020, 11(9):790.
  • Dziubańska-Kusibab PJ, Berger H, Battistini F, Bouwman B.A.M., Iftekhar A, Katainen R, Cajuso T, Crosetto N, Orozco M, Aaltonen LA & Meyer TF. Nature Medicine, 2020, 26:1063-1069.
  • Pasanen A, Ahvenainen T, Pellinen T, Vahteristo P, Loukovaara M, Bützow R. PD-L1 expression in endometrial carcinoma cells and intratumoral immune cells: differences across histologic and TCGA-based molecular subgroups. American Journal of Surgical Pathology, 2020, 44(2):174-181.
  • ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium (a large number of contributors, including members from the Aaltonen & Pitkänen group). . Nature, 2020, 578:82-93.
  • Quist-Paulsen P, Toft N , Heyman M, Abrahamsson J, Griškevičius J, Hallböök H, Jónsson ÓG, Palk K, Pruunsild K, Vaitkeviciene G, Vettenranta K, Åsberg A1, Frandsen TL, Opdahl S, Marquart HV,  Madsen HO, Overgaard UM, Wartiovaara-Kautto U, Schmiegelow K.  Leukemia, 2020, 34(2):347-357.
  • Äyräväinen A, Pasanen A, Ahvenainen T, Heikkinen T, Pakarinen P, Härkki P, Vahteristo P.  Human Reproduction, 2020, deaa187:1–17.
  • Kaasinen E, Kuismin O, Rajamäki K, Ristolainen H, Aavikko M, Kondelin J, Saarinen S, Berta D, Katainen R, Hirvonen E, Karhu A, Taira A, Tanskanen T, Alkodsi A, Taipale M, Morgunova E, Franssila K, Lehtonen R, Mäkinen M, Aittomäki K, Palotie A, Kurki M, Pietiläinen O, Hilpert M, Saarentaus E, Niinimäki J, Junttila J, Kaikkonen K, Vahteristo P, Skoda R, Seppänen M, Eklund K, Taipale J, Kilpivaara O* & Aaltonen LA*.  Nature Communications, 2019, 10:1252. *equal contribution
  • Cajuso T, Sulo P, Tanskanen T, Katainen R, Taira A, Hänninen U, Kondelin J, Forsström L, Välimäki N, Aavikko M, Kaasinen E, Ristimäki, Koskensalo S, Lepistö A, Renkonen-Sinisalo L, Seppälä T, Kuopio T, Böhm J, Mecklin J-P, Kilpivaara O, Pitkänen E, Palin K & Aaltonen LA.  Nature Communications, 2019, 10:4022.
  • Olkinuora A, Nieminen TT, Mårtensson E, Rohlin A, Ristimäki A, Koskenvuo L, Lepistö A; Swedish Extended Genetic Analysis of Colorectal Neoplasia (SWEN) Study Group, Gebre-Medhin S, Nordling M, Peltomäki P.  Genet Med, 2019, 21:1868-1873.
  • Tuomainen K, Al-Samadi A, Potdar S, Turunen L, Turunen M, Karhemo PR, Bergman P, Risteli M, Åström P, Tiikkaja R, Grenman R, Wennerberg K, Monni O, Salo T.  Cancers (Basel), 2019, 12(1), pii: E92.
  • Karjalainen EK, Renkonen-Sinisalo L, Mustonen HK, Lepistö AH. Colorectal Disease, 2019, 21(6):671-678.
  • Douglas S.P.M, Siipola P, Kovanen P.E., Pyörälä M, Kakko S, Savolainen E-R, Salmenniemi U, Orte K, Kytölä S, Pitkänen E, Porkka K, Kilpivaara O,* Wartiovaara-Kautto U*.  Blood, 2019, 133(25):2724-2728. *equal contribution
  • Hirvonen EAM, Peuhkuri S, Norberg A, Degerman S, Hannula-Jouppi K, Välimaa H, Kilpivaara O*, Wartiovaara-Kautto U*. Leukemia, 2019, 33(1):275-278.  *equal contribution
  • Leivonen S-K, Pollari M, Brück O, Pellinen T, Autio M, Vähämurto P, Karjalainen-Lindsberg M-L, Mannisto S, Kellokumpu-Lehtinen P-L, Mustjoki S, Leppä S.  Haematologica, 2019, 104(2):338-346.
  • Göös H, Fogarty C.L, Sahu B, Plagnol V, Rajamäki K, Nurmi K, Liu X, Einarsdottir E, Jouppila A, Pettersson T, Vihinen H, Krjutskov K, Saavalainen P, Järvinen A, Muurinen M, Greco D, Scala G,  Curtis J, Nordström D, Flaumenhaft R, Vaarala O, Kovanen P.E, Keskitalo S, Ranki A, Kere J, Lehto M,  Notarangelo L.D, Nejentsev S, Eklund K.K, Varjosalo M, Taipale J, Seppanen M.R. J. / Journal of Allergy and Clinical Immunology. 2019, 144(5):1364-1376.