Kyselytutkimuksen tietoja voidaan täydentää eri rekisterinpitäjiltä saatavilla rekisteritiedoilla. Tutkimukseen yhdistettävät rekisteritiedot ovat työsuhteeseen, sairastavuuteen, terveyspalveluihin ja eläkkeelle siirtymiseen liittyviä tietoja, joiden avulla saavutetaan arvokasta tietoa sairastavuuden syistä ja seurauksista. Rekisteritiedot haetaan erikseen eri rekisteripitäjiltä (Terveyden ja hyvinvoinnin laitos, Tilastokeskus, Kansaneläkelaitos, Eläketurvakeskus ja Helsingin kaupunki). Myös rekisteritiedoilla täydennettyä aineistoa käsitellään ehdottoman luottamuksellisesti, joten luvan rekisteritietojen yhdistämiseen antaneen tiedot eivät missään olosuhteissa joudu ulkopuolisten haltuun. Kaikki tulokset julkaistaan vain ryhmätasolla, joten kenenkään yksittäisen vastaajan rekistereissä olevat tiedot eivät koskaan näy missään julkaisuissa.
Seurantakyselyyn osallistuneilta kysyttiin suostumus yhdistää kyselytutkimukseen Helsingin kaupungin henkilöstörekisterin ja muiden rekisterinpitäjien tietoja (Kansaneläkelaitos, Eläketurvakeskus, Tilastokeskus, Terveyden ja hyvinvoinnin laitos) vuosien 2000–2002 peruskyselyssä. Noin 75 % vastanneista antoi suostumuksensa tietojen yhdistämiseen. Tietojen yhdistämisestä kerrotaan myös seurantalomakkeen saatekirjeessä.
Alle 40-vuotiaiden terveystutkimukseen osallistuvilta kysytään suostumus tietojen yhdistämiseen kyselylomakkeella. Lisäksi saatekirjeessä annetaan tietoa tietojen yhdistämisestä tietosuojalainsäädännön vaatimusten ja periaatteiden mukaisesti. Kirjeessä on suora linkki rekisteriselosteeseen, jossa rekisterit on kuvattu ja jossa kerrotaan, mitä tietoja ja miltä ajalta tutkimuksessa käytetään. Myös tutkimuksen kotisivut antavat lisätietoja aineistoista ja niiden käytöstä.
Vastaaja voi halutessaan milloin tahansa peruuttaa antamansa suostumuksen ottamalla yhteyttä tutkimusryhmän johtajaan (Tea Lallukka) tai varajohtajaan (Anne Kouvonen), joiden yhteystiedot löytyvät tämän sivun lopusta.
Tutkimuksessa käytettävät osa-aineistot ja rekisteritiedot on tarkemmin esitelty tutkimuksen rekisteriselosteessa (suomeksi).