Asemalla tehdään lukuisia pitkäaikaisseurantoja, joista vanhin – myyrien kannanvaihtelun tutkimus – alkoi jo aseman syntyvaiheessa vuonna 1946. Pitkäaikaisseurantojen lisäksi Kilpisjärvellä toteutetaan monipuolista terrestistä ja akvaattista tutkimusta, sekä yhä enemmän ilmastonmuutokseen liittyviä hankkeita.