Asemalla tehdään lukuisia pitkäaikaisseurantoja, joista vanhin – myyrien kannanvaihtelun tutkimus – alkoi jo vuonna 1946. Pitkäaikaisseurantojen lisäksi Kilpisjärvellä tehdään monipuolista maa- ja vesiekosysteemeihin liittyvää tutkimusta, sekä yhä enemmän ilmastonmuutokseen liittyviä hankkeita.