Kilpisjärvellä seurataan varpuslintujen, mm. kirjosiepon (Ficedula hypoleuca), talitiaisen (Parus major), lapintiaisen (Poecile cinctus) ja leppälinnun (Phoenicurus phoenicurus) pesintää vuosittain. Alueelle on asennettu parisataa linnunpönttöä kolopesijöiden pesimämenestyksen kartoittamiseksi. Seuranta toteutetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon (LUOMUS) pesäkorttitutkimuksen mukaisesti.
Tunturikasvien fenologiaa, vuosittaista tuotannon vaihtelua ja siementuotantoa on seurattu Kilpisjärvellä 1960-luvulta lähtien. Tunturikoivun (Betula pubescens subsp. czerepanovii) vaivaiskoivun (Betula nana), mustikan (Vaccinium myrtillus) ja kulleron (Trollius europaeus) seurantaa tehdään edelleen vuosittain. Tutkimusalueet sijaitsevat Saanan, Pikku-Mallan ja Korkea-Jehkaksen ympäristöissä.
Yksi maailman pitkäaikaisimmista jyrsijäseurannoista aloitettiin Kilpisjärvellä vuonna 1946, ja sitä jatketaan edelleen vuosittain. Tutkimuksen keskeisimpiä tavoitteita on selvittää myyrä- ja sopulipopulaatioiden kannanvaihteluiden syitä.
Myyrät ja sopulit ovat olennainen osa pohjoista eliöyhteisöä. Ne ovat elintärkeää ravintoa monelle petolajille, ja niillä on merkittävä rooli kasvillisuuden muokkaajana. Myyräkannat vaihtelevat pohjoisessa syklisesti noin 4-5 vuoden välein johtuen muun muassa petojen saalistuksesta ja talviravinnon puutteesta. Voimakkaimmat myyräsyklit tavataan alueilla, joilla vallitsee pitkä ja runsasluminen talvi.
Tyypilliseen myyräsykliin kuuluu nousu- ja huippuvuosia seuraava romahdus- ja pohjavaihe. Kannanvaihtelun voimakkuus vaihtelee sekä ajallisesti että maantieteellisesti. Tunnettu esimerkki kannanvaihtelun huippuvuosista on tunturisopuleiden vaellukset, jolloin lajin levinneisyysalue voi laajentua pitkälle Metsä-Lappiin. Vaellusten taustalla on sopulien vuodenaikainen elinympäristönvaihto, mikä suurissa tiheyksissä johtaa näkyviin liikehtimisiin.
Vastaava tutkija: Emeritusprofessori
Valtakunnallinen yöperhosseuranta on osa luonnon monimuotoisuuden tutkimusohjelmaa. Perhosten määriä seuraamalla saadaan nopeasti tietoa luonnossa tapahtuneista muutoksista. Suomen yöperhoslajistossa on jo havaittu merkittäviä muutoksia, kuten uusien lajien levittäytymistä pohjoisemmaksi ja pohjoisten lajien taantumista.
Seurantaa koordinoi Suomen ympäristökeskus.
Valtakunnallinen päiväperhosseuranta (NAFI) on Suomen Perhostutkijain Seuran koordinoima tutkimushanke. Seurannassa kertynyt havaintoaineisto tallennetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon tietokantaan. Tuloksista julkaistaan vuosittain raportti Perhostutkijain Seuran Baptria-lehdessä.
Kilpisjärven alueella tarkastetaan vuosittain neljä linnuston vakioseurantalinjaa, jotka on laskettu vuodesta 1979 alkaen.
Tutkimus pyrkii selvittämään, miten lintulajien kannat ovat muuttuneet ja mitkä tekijät ovat näiden muutosten takana. Seurannat ovat myös avainasemassa suojelupäätöksiä tehtäessä.
Turun yliopiston koordinoimassa, Suomen yliopistollisten tutkimusasemien yhteistyötutkimuksessa seurataan puutiaisten määrän vuosittaista vaihtelua. Tutkimuksen taustalla ovat havainnot punkkien runsastumisesta ja huoli niiden levittämien tautien yleistymisestä.
Kilpisjärven koealalta ei ole vielä tavattu puutiaisia.