Kilpisjärvellä seurataan varpuslintujen, mm. kirjosiepon (Ficedula hypoleuca), talitiaisen (Parus major), lapintiaisen (Poecile cinctus) ja leppälinnun (Phoenicurus phoenicurus) pesintää vuosittain. Alueelle on asennettu parisataa linnunpönttöä kolopesijöiden pesimämenestyksen kartoittamiseksi. Seuranta toteutetaan pesäkorttitutkimuksen (LUOMUS) mukaisesti.
Tunturikasvien fenologiaa, vuosittaista tuotannon vaihtelua ja siementuotantoa on seurattu Kilpisjärvellä 1960-luvulta lähtien. Tunturikoivua (Betula pubescens subsp. czerepanovii) vaivaiskoivua (Betula nana), mustikkaa (Vaccinium myrtillus) ja kulleroa (Trollius europaeus) seurantaa tehdään edelleen vuosittain. Tutkimusalueet sijaitsevat Saanan, Pikku-Mallan ja Korkea-Jehkasin ympäristöissä.
Kilpisjärvellä tehdään yhtä maailman pitkäaikaisimmista jyrsijätutkimuksista. Aineiston keruu aloitettiin vuonna 1946, ja tutkimus vakinaistui 1950-luvun alussa. Tutkimuksen keskeisimpiä tavoitteita on selvittää myyrä- ja sopulipopulaatioiden kannanvaihteluiden syitä. Kilpisjärvellä tutkitaan jyrsijäkannan vakiolinjat vuosittain, joka kevät ja syksy. Vakiolinjat sijaitsevat Pikku-Mallalla, Saanalla ja Jehkats-tunturilla.
Myyrät ja sopulit ovat olennainen osa pohjoista eliöyhteisöä. Ne ovat elintärkeää ravintoa monelle petolajille, ja niillä on merkittävä rooli kasvillisuuden muokkaajana. Myyräkannat vaihtelevat pohjoisessa syklisesti noin 4-5 vuoden välein johtuen muun muassa petojen saalistuksesta ja talviravinnon puutteesta. Voimakkaimmat myyräsyklit tavataan alueilla, joilla vallitsee pitkä ja runsasluminen talvi.
Tyypilliseen myyräsykliin kuuluu nousu- ja huippuvuosi sekä kannanvaihtelun huippua seuraava romahdus- ja pohjavaihe. Kannanvaihtelun voimakkuus vaihtelee sekä ajallisesti että maantieteellisesti. Välillä on voimakkaampia jaksoja, ja joskus taas vaimeampaa vaihtelua. Tunnettu esimerkki kannanvaihtelun huippuvuosista on tunturisopuleiden vaellukset, jolloin lajin levinneisyysalue voi laajentua pitkälle Metsä-Lappiin. Vaellusten taustalla on sopulien vuodenaikainen elinympäristönvaihto, mikä suurissa tiheyksissä johtaa näkyviin liikehtimisiin.
Pikkunisäkkäiden kannanvaihtelut ovat yksi populaatioekologian keskeisiä tutkimusaiheita. Pitkäaikaisseurannat tarjoavat tärkeää taustatietoa tutkimukselle. Esimerkiksi ilmastotutkimuksessa pitkät aikasarjat auttavat hahmottamaan tapahtunutta muutosta ja ennustamaan myös tulevaisuutta.
Vastaava tutkija: Emeritusprofessori
Valtakunnallinen yöperhosseuranta on osa luonnon monimuotoisuuden tutkimusohjelmaa. Perhosten määriä seuraamalla saadaan nopeasti tietoa luonnossa tapahtuneista muutoksista. Suomen yöperhoslajistossa on jo havaittu merkittäviä muutoksia, kuten uusien lajien levittäytymistä pohjoisemmaksi ja pohjoisten lajien taantumista.
Seurantaa koordinoi Suomen ympäristökeskus.
Valtakunnallinen päiväperhosseuranta (NAFI) on Suomen Perhostutkijain Seuran koordinoima tutkimushanke. Seurannassa kertynyt havaintoaineisto tallennetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon Luomuksen tietokantaan. Tuloksista julkaistaan vuosittain raportti Perhostutkijain Seuran Baptria-lehdessä.
Valtakunnallinen päiväperhosseuranta (NAFI) on Suomen Perhostutkijain Seuran koordinoima tutkimushanke. Seurannassa kertynyt havaintoaineisto tallennetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon Luomuksen tietokantaan. Tuloksista julkaistaan vuosittain raportti Perhostutkijain Seuran Baptria-lehdessä.
Kilpisjärven alueella lasketaan vuosittain neljä linnuston vakioseurantalinjaa, jotka on laskettu vuodesta 1979 alkaen.
Tutkimus pyrkii selvittämään, miten lintulajien kannat ovat muuttuneet ja mitkä tekijät ovat näiden muutosten takana. Seurannat ovat myös avainasemassa suojelupäätöksiä tehtäessä.
Turun yliopiston koordinoimassa, Suomen yliopistollisten tutkimusasemien yhteistyötutkimuksessa seurataan puutiaisten määrän vuosittaista vaihtelua. Tutkimuksen taustalla ovat havainnot punkkien runsastumisesta ja huoli niiden levittämien tautien yleistymisestä.
Suomessa esiintyy kaksi ihmiselle haitallista punkkilajia: tavallinen puutiainen (Ixodes ricinus) ja taigapunkki eli siperianpuutiainen (Ixodes persulcatus). Molemmat näyttävät paljain silmin samanlaisilta ja ne pystyvät elämään luonnossa samoilla alueilla. Molemmilla on myös samat isäntäeläimet: luonnonvaraiset nisäkkäät, lemmikki- ja kotieläimet sekä ihminen.
Kilpisjärven koealalta ei ole vielä tavattu puutiaisia.