Pöntöissä pesivien varpuslintujen populaatioekologiaa on seurattu Kilpisjärvellä jo vuodesta 1957 lähtien. Nykyiseen laajuuteensa, noin 190 pönttöön, tutkimus laajentui 1960-luvun lopussa. Siitä lähtien mm. kirjosiepon, talitiaisen, lapintiaisen ja leppälinnun pesimämenestystä seurattu vuosittain. Nykyään seuranta toteutetaan pesäkorttitutkimuksen (LUOMUS) mukaisesti.
Kilpisjärven biologisella asemalla on seurattu tunturikasvien fenologisia ilmiöitä, vuosien välistä tuotannon vaihtelua sekä siemenmäärätuotantoa jo 1960-luvulta asti. Tunturi- ja vaivaiskoivu-, mustikka- ja kulleroseurantoja jatketaan edelleen vuosittain.
Kilpisjärvellä tehdään yhtä maailman pitkäaikaisimmista jyrsijätutkimuksista. Aineiston keruu aloitettiin vuonna 1946, ja tutkimus vakinaistui 1950-luvun alussa. Tutkimuksen keskeisimpiä tavoitteita on selvittää myyrä- ja sopulipopulaatioiden kannanvaihteluiden syitä. Kilpisjärvellä tutkitaan jyrsijäkannan vakiolinjat vuosittain, joka kevät ja syksy. Vakiolinjat sijaitsevat Pikku-Mallalla, Saanalla ja Jehkats-tunturilla.
Myyrät ja sopulit ovat olennainen osa pohjoista eliöyhteisöä. Ne ovat elintärkeää ravintoa monelle petolajille, ja niillä on merkittävä rooli kasvillisuuden muokkaajana. Myyräkannat vaihtelevat pohjoisessa syklisesti noin 4-5 vuoden välein johtuen muun muassa petojen saalistuksesta ja talviravinnon puutteesta. Voimakkaimmat myyräsyklit tavataan alueilla, joilla vallitsee pitkä ja runsasluminen talvi.
Tyypilliseen myyräsykliin kuuluu nousu- ja huippuvuosi sekä kannanvaihtelun huippua seuraava romahdus- ja pohjavaihe. Kannanvaihtelun voimakkuus vaihtelee sekä ajallisesti että maantieteellisesti. Välillä on voimakkaampia jaksoja, ja joskus taas vaimeampaa vaihtelua. Tunnettu esimerkki kannanvaihtelun huippuvuosista on tunturisopuleiden vaellukset, jolloin lajin levinneisyysalue voi laajentua pitkälle Metsä-Lappiin. Vaellusten taustalla on sopulien vuodenaikainen elinympäristönvaihto, mikä suurissa tiheyksissä johtaa näkyviin liikehtimisiin.
Pikkunisäkkäiden kannanvaihtelut ovat yksi populaatioekologian keskeisiä tutkimusaiheita. Pitkäaikaisseurannat tarjoavat tärkeää taustatietoa tutkimukselle.Esimerkiksi ilmastotutkimuksessa pitkät aikasarjat auttavat hahmottamaan tapahtunutta muutosta ja ennustamaan myös tulevaisuutta.
Vastaava tutkija: Emeritusprofessori Heikki Henttonen (Luke)
Valtakunnallinen yöperhosseuranta on osa luonnon monimuotoisuuden tutkimusohjelmaa. Perhosten määriä seuraamalla saadaan nopeasti tietoa luonnossa tapahtuneista muutoksista. Yöperhosseurantaa koordinoi Kainuun ELY-keskus.
Suomen yöperhoslajistossa on jo havaittu merkittäviä muutoksia, kuten uusien lajien levittäytymistä pohjoisemmaksi ja pohjoisten lajien taantumista.
Valtakunnallinen päiväperhosseuranta (NAFI) on Etelä-Karjalan Allergia- ja Ympäristöinstituutin ja Suomen Perhostutkijain Seuran koordinoima tutkimushanke. Seurannassa kertynyt havaintoaineisto tallennetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon Luomuksen tietokantaan. Tuloksista julkaistaan vuosittain raportti Perhostutkijain Seuran Baptria-lehdessä.
Vuosittain Kilpisjärven alueella lasketaan neljä linnuston vakioseurantalinjaa, jotka on laskettu vuodesta 1979 alkaen. Havaintoaineisto tallennetaan Luonnontieteellisen keskusmuseon Luomuksen tietokantaan. Tutkimus pyrkii selvittämään, miten lintulajien kannat ovat muuttuneet ja mitkä tekijät ovat näiden muutosten takana. Seurannat ovat myös avainasemassa suojelupäätöksiä tehtäessä.
Seurantojen tuloksista raportoidaan säännöllisesti mm. Seurantauutisissa. Linnuston seuranta Luomuksen sivuilla
Turun yliopiston koordinoimassa, Suomen yliopistollisten tutkimusasemien yhteistyötutkimuksessa seurataan puutiaisten määrän vuosittaista vaihtelua. Tutkimuksen taustalla ovat havainnot punkkien runsastumisesta ja huoli niiden levittämien tautien yleistymisestä.
Suomessa esiintyy kaksi ihmiselle haitallista punkkilajia: tavallinen puutiainen (Ixodes ricinus) ja taigapunkki eli siperianpuutiainen (Ixodes persulcatus). Molemmat näyttävät paljain silmin samanlaisilta ja ne pystyvät elämään luonnossa samoilla alueilla. Molemmilla on myös samat isäntäeläimet: luonnonvaraiset nisäkkäät, lemmikki- ja kotieläimet sekä ihminen.
Kilpisjärven koealalta ei ole vielä tavattu puutiaisia.