Fredrik Pihlflyckt syntyi Kärkölässä vuonna 1797 vaatimattomiin oloihin. Hänen isänsä Anders Pihlflyckt oli ammatiltaan suutari ja asui pienessä mökissä Kärkölän pappilan maalla. Perimätiedon mukaan Fredrik Pihlflyckt oli nuorena ilmoittanut äidilleen, että hänestä tulisi pappi ja hän halusi päästä kouluun. Äidin kieltävästä vastauksesta huolimatta sai esikoinen lopulta tahtonsa läpi, sillä hänet lähetettiin Porvooseen lukkarin opintoihin.
Lukkarin opinnot suoritettuaan Fredrik Pihlflyckt muutti Helsinkiin, jossa hän vuodesta 1817 alkaen työskenteli sairaalalääkäri Berndt Otto Rosenströmin alaisena Helsingin valtionsairaalassa. Hän sai opetusta lääketieteessä sekä kirurgiassa, mikä valmisti häntä kirurgintutkintoon vaadittaviin opinnäytteisiin. Kaupunginkirurgin viran vapautuessa vuonna 1825 valittiin Pihlflyckt ensin virkaa toimittavaksi ja lopulta vuonna 1828 vakinaiseksi kaupunginkirurgiksi. Vuonna 1834 Pihlflyckt sai erioikeuden harjoittaa yksityispraktiikkaa, jollaisen hän perusti vuonna 1852 valmistuneeseen asuntoonsa, joka oli aikansa suurin yksityisomistuksessa ollut kivitalo Kruununhaassa. Praktiikkaa voi verrata nykypäivän terveyskeskukseen tai lääkäritaloon, sillä rakennuksen lääkärinpalvelut alueen köyhille jatkuivat myös Pihlflycktin kuoleman jälkeen.
Fredrik Pihlflyckt oli pätevä ja suosittu ammatissaan ja toimi kaupunginkirurgina 40 vuotta ennen kuin erosi virastaan 71-vuotiaana. Pihlflyckt toimi uransa aikana myös rokottajana, lääkärinä ainakin kolmessa koleraepidemiassa ja venäläisten sotilaiden hoitajana Suomenlinnassa. Näkyvänä tunnustuksena hänen työstään olivat hallitsijan hänelle myöntämät kunniamerkit. Vuonna 1831 Pihlflyckt sai briljanttisormuksen koleraepidemian eteen tekemästään työstä. Vuonna 1837 hänelle annettiin Pyhän Annan Ritarikunnan kultainen mitali ja 1857 Pyhän Stanislauksen Ritarikunnan 3. luokan ritarimerkki.
Luonteeltaan Fredrik Pihlflyckt oli hyvin yritteliäs ja toimelias. Varsinaisen ammattinsa ohella hän oli mukana perustamassa Helsingfors Sparbankenia ja oli sen hallituksen aktiivinen jäsen vuodesta 1826 lähtien. Pihlflyckt lainasi rahaa monille helsinkiläisille ja näistä kuuluisimpana J. V. Snellman jäi hänelle velkaa hänen kuolemansa jälkeen. Pihlflyckt oli myös musikaalinen, mikä oli näkynyt jo nuorena lukkarin opinnoissa. 1820-luvulla hän osallistui viulunsoittajana Suomenlinnassa järjestettyihin tilaisuuksiin.
Fredrik Pihlflyckt kuoli äkillisesti keuhkotulehdukseen 72-vuotiaana vuonna 1869. Hän kuoli naimattomana ja lapsettomana, joten perintö jaettiin muiden elossa olevien sukulaisten kesken. Perintö oli merkittävä, sillä Pihlflyckt oli ollut tarkka rahoistaan ja sijoittanut arvopapereihin ja maaomaisuuteen. Pihlflyckt ei ollut ainoastaan merkittävä henkilö 1800-luvun Helsingissä, vaan hän myös toimi esikuvana myöhemmille suvun jäsenille painottaen etenkin koulutuksen merkitystä. Fredrik Pihlflyckt oli ottanut veljenpoikiansa luokseen asumaan Kruununhakaan, jotta he saisivat käydä koulua Helsingissä. Hän antoi nuoremmalle sukupolvelle mahdollisuudet, joita oli itse kaivannut nuoruudessaan.
Kaupunginkirurgi Fredrik Pihlflycktin rahaston on perustanut Maija-Liisa Lehtonen, joka on sukua Fredrik Pihlflycktille tämän sisaren puolelta. Lehtosen perustama rahasto on avoin rahasto geneettisesti periytyvien syöpien ja erityisesti Lynchin syndrooman tutkimukseen. Maija-Liisa Lehtonen nimesi rahaston Fredrik Pihlflycktin mukaan, sillä lääketiede oli hänen alaansa, mutta myös, jotta hänen nimensä säilyisi elossa.