Vastuu arboretumin päivittäisestä toiminnasta on maatalous- ja metsätieteellisen tiedekunnalla. Arboretumissa ei ole paikan päällä pysyvää henkilökuntaa.
Soveltuvia aloja opiskelevilla yliopisto-opiskelijoilla on joka kesä mahdollisuus suorittaa opintoihin kuuluva käytönnön harjoittelu arboretumissa. Harjoittelijat työskentelevät ylipuutarhurin ohjauksessa ja poistavat puita ja avaavat kulkureittien näkymiä, tekevät puiden ja pensaiden rakenneleikkauksia sekä torjuvat hallitsemattomasti leviäviä vieraslajeja. Arboretumiin istutetaan myös uusia taimia.
Tärkein Viikin arboretumin hoitoa ja kehittämistä ohjaava asiakirja on hoito- ja kehittämissuunnitelma, joka on tehty vuosille 2015-2025. Suunnitelmassa kuvataan arboretumin nykytilanne ja hahmotellaan hoidon ja ylläpidon standardit. Suunnitelman tavoitteena on parantaa arboretumin laatua sekä kävijöiden tyytyväisyyttä.