Viikin arboretum kuuluu hallinnollisesti Helsingin yliopiston maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan laitekeskuksen alaisuuteen ja sen toimintaa johtaa Helsingin yliopiston ja Helsingin kaupungin yhteinen johtoryhmä.
Johtoryhmän nimittää maatalous-metsätieteellisen tiedekunnan dekaani. Johtoryhmän toimikausi on neljä vuotta.
Viikin arboretumin johtoryhmän tehtäviin kuuluu:
- arboretumin tieteellinen ja opetuksellinen kehittäminen
- arboretumin viheralueellinen kehittäminen
- valvoa ja kehittää arboretumin hoidon järjestelyitä Helsingin kaupungin ja Helsingin yliopiston
keskenään sopiman yhteistyösopimuksen pohjalta
- selvittää vuosittain arboretumin hoidossa ja ylläpidossa tarvittava työvoima ja sen saanti ennen
kevättöiden alkua
- huolehtia muista arboretumia koskevista asioista