Helsingin yliopistolla on kautta historian ollut keskeinen merkitys suomalaisten sivistyksen, identiteetin ja hyvinvoinnin rakentajana.
Sen historian ensimmäinen vaihe ulottuu sen perustamisesta Ruotsin valtakunnan yliopistona 1640 Suomen sotaan 1808. Yliopisto perustettiin Kuninkaallisena Turun Akatemiana. Perustaminen oli jatkoa Suomen alueen asukkaiden pidempiaikaiselle kouluttautumisen perinteelle. Usean kymmenen Turun hiippakuntaan kuuluvan tiedetään opiskelleen Pariisin yliopistossa jo 1300-luvulla.
Yliopiston historian toinen vaihe Venäjän valtakunnan yliopistona kattaa Suomen Suuriruhtinaskunnan historian 1809-1917. Yliopisto sai nimekseen 1809 Keisarillinen Turun Akatemia. Kun yliopisto siirrettiin Helsinkiin 1828, muutettiin nimi Suomen Keisarilliseksi Aleksanterin Yliopistoksi.
Yliopiston historian kolmas vaihe Suomen tasavallan yliopistona alkaa Suomen itsenäistyttyä 1917. Yliopiston nimi muutettiin Helsingin yliopistoksi 1919.
Sivuston sisällön on toimittanut FM Pia Österman.
Helsingin yliopisto perustettiin Kuningatar Kristiinan hallitsijakaudella Turkuun yhdeksi Ruotsin valtakunnan neljästä yliopistosta 26.3.1640.
Yliopiston perustamista juuri Itämaan, eli nykyisen Suomen lounaiskolkkaan edistivät ensisijaisesti kreivi Per Brahe, Turun piispa Isaacus Rothovius ja Turun hovioikeuden presidentti Jöns Kurck. Kreivi Brahe odotti, että yliopiston avulla ”istutettaisiin kansaan oikea jumalanpelko, kunniallisuus, kunto, hyveet, luvalliset elinkeinot ja kaikenlainen hyvä elämä” myös täällä.
Kuninkaallinen Turun Akatemia liitettiin osaksi perinteikästä yliopistojärjestelmää, jota leimasi kaikille eurooppalaisille yliopistoille yhteiset piirteet kuten latinankielinen opetus ja tiedekuntien nelijako. Ylioppilaat opiskelivat ensin filosofisessa tiedekunnassa, minkä jälkeen heillä oli mahdollisuus erikoistua teologisessa, lainopillisessa tai lääketieteellisessä tiedekunnassa.
Perustamisasiakirjassa akatemian tehtäväksi määriteltiin luvallisten oppiaineiden, Pyhän Raamatun, lain ja oikeuden, lääketieteen sekä muiden tieteiden opettaminen ja harjoittaminen. Tämän lisäksi akatemiassa tehtiin tutkimusta, väiteltiin ja promovoitiin valmistuneita. Akatemia oli pappiskunnan koulutuksen keskus. Suurimmasta osasta sen ylioppilaista tuli pappeja. Yliopisto jakoi myös yleissivistystä ja renessanssihumanismin henkeä aatelis- ja porvarisnuorukaisille.
Kuninkaallinen Turun Akatemia oli yksi Ruotsin suurvaltakauden neljästä valtakunnallisesta yliopistosta. Sen ensisijainen tehtävä oli kouluttaa pappeja, virkamiehiä, lääkäreitä ja upseereita hyödyntämään työssään parasta käytössä olevaa tietoa.
Kristiinan yliopisto tai Auran yliopisto, kuten yliopistoa myös kutsuttiin, säilyi koko Turun kauden ajan suhteellisen pienenä. Vuonna 1640 akateemiseen yhteisöön kuului 250 ylioppilasta ja 11 professoria: kolme teologisessa, yksi lainopillisessa, yksi lääketieteellisessä ja kuusi filosofisessa tiedekunnassa. Ylioppilaiden ja professorien lukumäärä säilyi lähes muuttumattomana koko Turun kauden, 187 vuotta.
Yliopisto perustettiin itsenäiseksi instituutioksi. Sen lisäksi, että yliopistolla oli oikeus jakaa oppiarvoja oli sillä oma hallinto, oikeudenkäyttö, rangaistusvalta sekä verovapaus. Akatemian itsenäisen aseman takasivat sen omat tulonlähteet. Yliopiston talous perustui vuoteen 1811 saakka veroläänityksiin; akatemia keräsi satojen maatilojen verot ja usean pitäjän kymmenykset ylläpitääkseen toimintaansa.
Yliopiston perustaja kuningatar Kristiina oli kiinnostunut tieteistä. Hän tuki yliopistoja ja palkkasi hoviinsa oppineita. Heihin lukeutui mm. kuuluisa filosofi, matemaatikko René Descartes. Helsingin yliopiston perustamisvuonna kuningatar oli vasta 13-vuotias.
Yliopiston historian toinen vaihe osana Venäjän keisarikunnan yliopistoverkostoa kattaa Suomen Suuriruhtinaskunnan historian 1809-1917.
Suomen siirryttyä Venäjän keisarikunnan alaisuuteen 1809 keisari Aleksanteri I laajensi yliopistoa voimakkaasti ja osoitti sille huomattavia varoja. Maan korkein opetus siirrettiin 1828 Suomen Suuriruhtinaskunnan uuteen hallinnolliseen ytimeen, Helsinkiin. Pääkaupungissa yliopiston ensisijaiseksi tehtäväksi tuli kouluttaa maahan virkamiehistö.
Keisarillisesta Aleksanterin Yliopistosta tuli uuden humboldtilaisen tiede- ja sivistysyliopiston ihanteiden mukainen yhteisö, joka tutki ihmistä ja häntä ympäröivää luontoa tieteellisin menetelmin. Yliopiston uusissa perussäännöissä eli statuuteissa määriteltiin 1828 sen tehtäväksi "edistää Tieteiden ja vapaiden Taiteiden kehitystä Suomessa ja sen ohessa kasvattaa nuoriso Keisarin ja Isänmaan palvelukseen”.
Aleksanterin yliopisto oli kansallisen elämän keskus, jossa edistettiin itsenäisen Suomen valtion syntyä ja suomalaisen identiteetin kehittymistä. Kansalliset suurmiehet kuten J. V. Snellman, J. L. Runeberg, E. Lönnrot ja Z. Topelius toimivat kaikki yliopiston piirissä.
1800-luvulla yliopistotutkimus muuttui kokoelmapainotteisesta tutkimuksesta kokeelliseksi, empiiriseksi ja analyyttiseksi. Yliopiston tieteellistyminen johti erikoistumiseen ja tämän myötä myös uusiin oppiaineisiin. Yliopiston uudet statuutit 1852 edistivät osaltaan tätä kehitystä. Tieteenalojen kehittyessä saatiin maahan yhä enemmän tutkimustietoa ja korkeasti koulutettuja henkilöitä, joista osa hakeutui nopeasti kehittyvän teollisuuden ja valtionhallinnon piirin.
Yliopiston historian kolmas vaihe Suomen tasavallan yliopistona alkoi Suomen itsenäistyttyä 1917.
Suomen itsenäistyttyä 1917 yliopisto sai keskeisen roolin kansallisvaltion ja hyvinvointiyhteiskunnan rakentamisessa. Yliopistoyhteisön jäsenet edistivät uuden valtion kansainvälistä vuorovaikutusta ja talouselämän kehitystä. Lisäksi he osallistuivat aktiivisesti maan poliittiseen toimintaan ja tasa-arvopyrkimyksiin.
1900-luvulla Helsingin yliopiston tieteellinen tutkimus saavutti eurooppalaisen huipputason. Tätä ilmensivät mm. sen professoreille osoitetut kansainväliset tunnustukset kuten matemaatikko L. Ahlforsin vastaanottama Fields-mitali 1936, professori A. I. Virtasen Nobelin kemian palkinto 1945 ja professori Ragnar Granitin jaettu Nobelin lääketieteellinen palkinto 1967.
Toisen maailmansodan ja jälleenrakennuksen vuosina yliopistotutkimus keskittyi suomalaisten elinolosuhteisen parantamiseen ja Suomen nopean kehityksen varmistamiseen. Yliopisto oli aktiivisesti mukana vuosisadan jälkimmäisen puoliskon suurissa yhteiskunnan ja elinkeinorakenteiden muutoksissa. Yliopisto edisti myös osaltaan modernin teknologian läpimurtoa.
Helsingin yliopisto kasvoi voimakkaasti tieteellisen kehityksen myötä. Yliopistoon syntyi useita uusia tieteenaloja ja tiedekuntia. Nykyään yliopisto koostuu 11 tiedekunnasta, 500 professorista ja 35 000 opiskelijasta.
2000-luvun Helsingin yliopisto panostaa tieteelliseen tutkimuk-seen, tutkimukseen perustuvaan korkeatasoiseen koulutukseen ja yhteiskunnalliseen vuorovaikutukseen. Päämääräkseen yliopisto on asettanut olla yksi maailman parhaita monitieteisiä tutkimusyliopistoja.