Yliopiston rehtori nimittää johtoryhmän ulkoministeriötä ja oikeustieteellistä tiedekuntaa kuultuaan. Johtoryhmässä on viisi jäsentä, joista kaksi on ulkoministeriön nimeämää. Johtoryhmä hyväksyy toimintasuunnitelman, vuosittaisen budjetin ja työsuunnitelman sekä seuraa toiminnan toteutumista. Johtoryhmä käsittelee myös Oikeusvaltiokeskuksen vuotuisen raportin toiminnastaan ja varainkäytostään ennen raportin luovuttamista ulkoministeriölle sekä henkilöstöresursseja koskevat kysymykset yliopiston päätöksentekoa varten.
Johtoryhmän puheenjohtajana toimii Helsingin yliopiston vararehtori Hanna Snellman. Jäseniä ovat kehityspolitiikan neuvonantaja Katja Hirvonen (UM), suurlähettiläs Pekka Hukka (UM), oikeustieteellisen tiedekunnan dekaani Johanna Niemi (HY) ja tutkimusjohtaja, professori Kimmo Nuotio (HY).
Oikeusvaltiokeskuksella on vähintään kaksi kertaa vuodessa kokoontuva ohjausryhmä, joka tukee keskuksen strategista ohjausta ja työtä, ml. sen kotimaista ja kansainvälistä verkottumista ja tarpeellisten oikeusalan asiantuntijoiden identifiointia Oikeusvaltiokeskuksen työtä varten. Ohjausryhmään kutsutaan sopijapuolten edustajien lisäksi edustaja oikeusministeriöstä sekä muita oikeusvaltioalaa ja kansainvälistä yhteistyötä tuntevia kokeneita osaajia muista instituutioista, yliopistoista ja tutkimuslaitoksista.
Ohjausryhmän puheenjohtajana toimii dekaani Johanna Niemi oikeustieteellinen tiedekunta Helsingin yliopisto. Jäseniä ovat yksikön päällikkö Eeva Aittoniemi oikeusministeriö, alivaltiosihteeri Pasi Hellman ulkoministeriö, Euroopan unionin tuomioistuimen tuomari Niilo Jääskinen, korkeimman hallinto-oikeuden presidentti Kari Kuusiniemi, puheenjohtaja Fingo, Senior Researcher Liisa Laakso The Nordic Africa Institute, korkeimman oikeuden presidentti Tatu Leppänen, professori, johtaja Elina Pirjatanniemi Ihmisoikeusinstituutti, Åbo Akademi, apulaisoikeuskansleri Mikko Puumalainen oikeuskanslerinvirasto, apulaisvaltakunnansyyttäjä Jukka Rappe syyttäjälaitos, johtaja Sirpa Rautio Ihmisoikeuskeskus, puheenjohtaja Hanna Räihä-Mäntyharju Suomen Asianajajaliitto, apulaisoikeusasiamies Maija Sakslin oikeusasiamiehen kanslia, apulaisosastopäällikkö Juha Savolainen ulkoministeriö, osastopäällikkö Johanna Suurpää oikeusministeriö ja ylijohtaja Laura Yli-Vakkuri sisäministeriö.
Oikeusvaltiokeskuksen toimintasuunnitelma vuodelle 2023