Genomisen tiedon hyväksikäyttö

Genomista tietoa, lähinnä SNP-genotyyppiaineistoja, käytetään apuna genomin kattavissa assosiaatiotutkimuksissa (GWAS), genomisen valinnan menetelmissä ja populaatiogenetiikan tutkimuksissa. Käytämme suomalaisten sikarotujen tutkimuksissa sian 60K SNP-genotyypityssirulla tuotettuja aineistoja, joilla tutkitaan sianlihan laatua, letaaleja haplotyyppejä ja tehollista populaatiokokoa. Tällä hetkellä keskitymme tarkemmin karakterisoimaan geenitoiminnan tutkimuksen ja kohdistetun DNA:n sekvensoinnin avulla aiemmin löytämiämme sianlihan laatuun vaikuttavia kandidaattigeenejä. Tätä tutkimusta tehdään yhteistyössä Bolognan yliopiston tutkimusryhmän kanssa. Ayrshire-rotuisella lypsykarjalla olemme käyttäneet yli 10 000 lehmän imputoituja 50K SNP-genotyyppejä sukusiitoksen arviointiin.

Julkaisuja

Martikainen, K., Koivula, M. & Uimari, P. 2020. Identification of runs of homozygosity affecting female fertility and milk production traits in Finnish Ayrshire cattle. Scientific Reports 10, 3804. https://doi.org/10.1038/s41598-020-60830-9

Kudinov, A.A., Mäntysaari, E.A., Aamand, G.P., Uimari, P. &  Strandén, I. 2020. Metafounder approach for single-step genomic evaluations of Red Dairy cattle. Journal of Dairy Science 103: 6299-6310. https://doi.org/10.3168/jds.2019-17483

Martikainen, K., Sironen, A. & Uimari, P. 2018. Estimation of intrachromosomal inbreeding depression on female fertility using runs of homozygosity in Finnish Ayrshire cattle. Journal of Dairy Science 101: 11097-11107. https://doi.org/10.3168/jds.2018-14805

Smaragdov, M.G., Kudinov, A.A. & Uimari, P. 2018. Assessing the genetic differentiation of Holstein cattle herds in the Leningrad region using Fst statistics. Agricultural and Food Science 27: 96-101. https://journal.fi/afs/article/view/69777

Martikainen K., Tyrisevä A-M., Matilainen K., Pösö J. & Uimari P. 2017. Estimation of inbreeding depression on female fertility in the Finnish Ayrshire population. Journal of Animal Breeding and Genetics 134: 383-392. http://dx.doi.org/10.1111/jbg.12285

Verardo L., Sevon-Aimonen M-L., Serenius T., Hietakangas V. and Uimari, P. 2017. Whole-genome association analysis of pork meat pH revealed three significant regions and several potential genes in Finnish Yorkshire pigs. BMC Genetics 18. http://dx.doi.org/10.1186/s12863-017-0482-x

Häggman J. and Uimari P. 2016. Novel harmful recessive haplotypes for reproductive traits in pigs. Journal of Animal Breeding and Genetics 134: 129-135. http://dx.doi.org/10.1111/jbg.12240