Helsingin yliopiston organisaatiorakenteessa on kolme tasoa. Yliopistotasoon kuuluvat yliopistokollegio, hallitus, rehtori, kansleri ja yliopistopalvelut. Toisen tason muodostavat tiedekunnat ja erilliset laitokset, kolmannen tason tiedekuntiin kuuluvat laitokset.

Yliopiston ylin päätöksentekoelin on 13-jäseninen hallitus. Sitä johtaa hallituksen puheenjohtaja.

Yliopiston toimintaa johtaa rehtori. Hänen tukenaan on kolme vararehtoria ja hallintojohtajan johtama yliopistopalvelut.

Yliopiston kansleri edistää tieteitä sekä valvoo yliopiston yleistä etua ja toimintaa.

Yliopistokollegiossa on 50 jäsentä. Sen tehtävänä on mm. päättää yliopiston hallituksen jäsenmäärästä sekä hallituksen ja sen jäsenten toimikauden pituudesta sekä vahvistaa yliopiston tilinpäätös ja toimintakertomus.

Yliopisto jakautuu tiedekuntiin tutkimuksen ja opetuksen järjestämistä varten. Yliopiston 11 tiedekunnasta viisi toimii laitoksettomina, tiedekuntiin kuuluvia laitoksia on 17. Svenska social- och kommunalhögskolan kuuluu yliopistoon erillisenä yksikkönä.

Tiedekuntaa johtaa dekaani, laitoksissa on johtaja. Molemmat valitaan neljän vuoden toimikaudeksi. Dekaani vastaa tiedekunnan yleisestä toiminnasta, henkilöstöhallinnosta ja taloudesta. Johtajalla on laitoksessa vastaavat tehtävät.

Tiedekunnassa toimii dekaanin johdolla tiedekuntaneuvosto, jonka tehtävänä on kehittää tiedekunnan toimintaa kokonaisuutena. Laitoksessa on vastaavasti laitosneuvosto.

Yliopistossa on 10 erillistä laitosta. Ne ovat tehtäviltään tutkimus-, opetus- tai palvelupainotteisia. Erillisellä laitoksella on johtaja ja johtokunta.

Yliopistossa toimii monitieteisiä tutkimusverkostoja sekä valtakunnallisia viranomaistehtäviä hoitavia yksiköitä. Helsingin yliopisto osallistuu muiden yliopistojen kanssa eri puolilla maata toimivien yliopistokeskusten toimintaan.