FM Riku Walve puollustaa väitöskirjaansa Improving Contiguity and Accuracy in Genome Assembly perjantaina 31.3.2023 klo 12 Helsingin yliopiston Exactum-rakennuksen auditoriossa CK112 (Pietari Kalmin katu 5, pohjakerros). Vastaväittäjänä toimii apulaisprofessori Cinzia Pizzi (Università degli Studi di Padova, Italia) ja kustoksena professori Veli Mäkinen (Helsingin yliopisto). Väitöstilaisuus pidetään englanniksi.
Riku Walveen väitöskirja on osa Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen osastolla ja Algorithmic Bioinformatics -ryhmän Algorithms for Biological Sequencing Data -tiimissä tehtävää tutkimusta. Väitöskirjatyön ohjaajana on toiminut dosentti, yliopistonlehtori Leena Salmela (Helsingin yliopisto).
Yhtenäisyyden ja tarkkuuden parantaminen genomin rakennuksessa
Geenien vaikutus on genomianalyysin tärkeimpiä käyttökohteita. Genomianalyysin keskeinen ongelma on se, ettei genomeja pystytä sekvensoida kokonaisuudessaan. Sen sijaan vain lyhyitä pätkiä täynnä virheitä voidaan lukea. Tärkeä vaihe genomianalysoinnissa on rakentaa näistä pätkistä kokonainen genomi. Tämä väitöskirja pohtii sekä genomien rakennusta että virheiden korjausta. Virheiden korjaus on olennaista, sillä luetut sekvenssit voivat sisältää paljon virheitä.
Ohjattu genomin rakennus on variaatio genomin rakennuksesta, missä käytetään ylimääräistä dataa, joka kuvailee genomin rakennetta. Tässä väitöskirjassa kuvaillaan kaksi metodia ohjatun genomin rakennukseen. Toinen perustuu lineaarisen datan käyttöön ja toinen on yleisempi ratkaisu, joka jakaa sekvenssit ryppäisiin.
Väitöskirja myös tarkastelee genomianalyysia optisten karttojen näkökulmasta. Erityisesti tehokas indeksointia tutkitaan optisten karttojen kontekstissa, jossa data näyttää huomattavan erilaiselta verrattuna perinteiseen genomin analysointiin. Optiset kartat esittävät genomeja leikkausten välisillä etäisyyksillä nukleotidien sijaan.
Väitöskirjan saatavuus
Väitöskirjan elektroninen versio on saatavilla Helsingin yliopiston e-thesis-palvelussa osoitteessa http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-51-8984-4.
Painettuja väitöskirjoja voi tiedustella väittelijältä itseltään: riku.walve@helsinki.fi.