M.Sc. Qingli Guo puollustaa väitöskirjaansa "Developing Clinical Potential of Mutational Signatures: Insights from Formalin-Fixed Biopsies and MSI-High Tumours" tiistaina 12.12.2023 klo 13 Helsingin yliopiston päärakennuksen salissa Karolina Eskelin (U3032, Fabianinkatu 33, 3. krs). Vastaväittäjänä toimii professori Benjamin Schuster-Böckler (Ludwig Institute for Cancer Research, University of Oxford, Iso-Britannia) ja ja kustoksena professori Ville Mustonen (Helsingin yliopisto). Väitöstilaisuus pidetään englanniksi.
Qingli Guon väitöskirja on osa Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen osastolla ja Bioinformatics and Evolution -ryhmässä tehtävää tutkimusta. Väitöskirjatyön ohjaajina ovat toimineet professori Ville Mustonen (Helsingin yliopisto) ja professori Trevor A. Graham (The Institute of Cancer Research, Iso-Britannia).
Formaliinikiinnitettyjen koepalojen ja MSI-luokaltaan korkea-asteisten kasvainten mutaatioprofiilien kliinisen hyödyntämiskyvyn kehittäminen
Somaattisten mutaatioiden tutkimuksella on keskeinen rooli syöpien evoluution ymmärtämisessä ja yksilöllisten hoitojen kehittämisessä. Tässä väitöskirjassa tarkastellaan mutaatioprofiileja, jotka muodostuvat asteittain yksilön elinaikana somaattisten mutaatioiden kertymisen seurauksena. Vaikka näiden profiilien tunnistamisessa on edistytty merkittävästi, kyky soveltaa tietoa käytännön potilastyössä on edelleen hyvin rajallinen.
Tämän väitöskirjan tavoitteena oli kehittää keinoja tunnistaa mutaatioprofiileja heikkolaatuisista kliinisistä näytteistä. Formaliinikiinnitys on yleinen koepalojen säilöntämenetelmä, joka kuitenkin tuottaa hälyä genomisessa aineistossa. Työssä kehitetty laskennallinen työkalu, FFPEsig, pyrkii poistamaan tämän hälyn, mikä mahdollistaa mutaatioprofiilin tunnistamisen ja laajentaa siten säilöttyjen koepalojen lääketieteellisiä hyödyntämismahdollisuuksia.
Toisena sovelluskohteena työssä pyrittiin ennustamaan heikkolaatuisten syöpänäytteiden mikrosatelliitti-instabiliteettia (MSI), mikä on ollut haastavaa aiemmilla menetelmillä. Mutaatioiden tunnuspiirteitä koskevan viimeaikaisen tiedon perusteella työssä kehitettiin uusi laskennallinen työkalu MILO, joka ennustaa heikkolaatuisten syöpänäytteiden MSI-tilan. MILO-analyysi voi mahdollistaa immunoterapialääkkeiden laajempaa hyödyntämistä väestössä.
Yhteenvetona tässä väitöskirjassa on tunnistettu erittäin informatiivisia biomarkkereita, jotka ovat lupaavia diagnostiikan ja ennustuskyvyn kannalta. Tutkimuksen tulokset voivat tulevaisuudessa edistää syöpäpotilaiden yksilöllisten hoitojen kehittämistä ja johtaa parempiin hoitotuloksiin.
Väitöskirjan saatavuus
Väitöskirjan elektroninen versio tulee olemaan saatavilla Helsingin yliopiston e-thesis-palvelussa osoitteessa http://urn.fi/URN:ISBN:978-951-51-9989-8.
Painettuja väitöskirjoja voi tiedustella väittelijältä itseltään: qingli.guo@helsinki.fi.