Matemaattis-luonnontieteellisessä tiedekunnassa on kuusi tiedekunnan talousvastuun alaista osastoa, joita johtaa osastonjohtaja. Osastonjohtaja vastaa osaston tehtävien tuloksellisesta, taloudellisesta ja tehokkaasta hoitamisesta, henkilöstön kehittämisestä ja toiminnan suunnittelusta siten kuin tiedekunnan sisällä on erikseen sovittu. Dekaani ottaa osastonjohtajan tehtäväänsä osaston henkilöstöä ja tiedekuntaneuvostoa kuultuaan.
Nykyisten osastonjohtajien kaudet päättyvät 31.12.2021 ja tehtävät ovat olleet avoimessa haussa.
Dekaanin nimeämät osastonjohtajat kaudelle 1.1.2022–31.12.2025
- Geotieteiden ja maantieteen osasto: tutkimusjohtaja Annakaisa Korja
- Fysiikan osasto: professori Simo Huotari
- Matematiikan ja tilastotieteen osasto: professori Tuomas Hytönen
- Kemian osasto: professori Ilkka Kilpeläinen
- Tietojenkäsittelytieteen osasto: professori Jussi Kangasharju
Annakaisa Korja, Simo Huotari ja Tuomas Hytönen jatkavat osastonjohtajana. Ilkka Kilpeläinen ja Jussi Kangasharju aloittavat ensimmäisen kautensa osastonjohtajan tehtävässä.
Ilmakehätieteiden keskus INARin johtajan osalta päätös tulee myöhemmin. INARin johtajan päätöksen tekee rehtori.