Uusi sensitiivisen lääketieteellisen tutkimusaineiston julkaisupalvelu on otettu käyttöön pilottihankkeessa

Sensitiiviselle lääketieteelliselle tutkimusaineistolle kehitetty FEGA-palvelu tekee mahdolliseksi tutkimusaineistojen tietoturvallisen julkaisun.

FEGA (Federated European Genome-phenome Archive) eroaa muista käytössä olevista julkaisu- ja analysointipalveluista siinä, että aineistoa ei viedä palvelusta ulos, vaan aineisto analysoidaan sen sisällä, suojatussa pilvipalvelussa. 

FEGA-palvelussa voidaan säilyttää sensitiivistä aineistoa, joka on saatu tutkimukseen suostumuksella luovutetuista näytteistä, mutta jota ei voida julkistaa avoimissa aineistotietokannoissa. Tyypillinen palvelussa säilytettävä sensitiivinen aineisto voi olla esimerkiksi RNA-molekyylien sekvensointiaineisto tai tietyn geenin DNA-sekvensointiaineisto potilaan luovuttamista soluista.

FEGA-palvelun etu on sensitiivisten aineistojen kontrolloitu ja tietoturvallinen jatkokäyttö, jolloin Avoimen Tieteen periaate voi toteutua. Julkisesti rahoitetuissa hankkeissa kerättyjen tutkimusaineistojen tulisi olla mahdollisimman avoimesti myös muiden kuin ensisijaisen löydöksen tehneiden tutkijoiden käytettävissä.

Tieteen läpinäkyvyys paranee, kun esimerkiksi julkaisuprosessin aikana tutkimuksen vertaisarvioijat voivat saada oikeuden tarkastella aineistoa. Tutkimus tehostuu, kun tutkijat saavat käyttöönsä valmiita aineistoja. Vaikuttavuus kasvaa, kun aineistoja käytetään useammassa tutkimuksessa. Aineistojen avaaminen mahdollistaa tutkimuksen toistettavuuden, mikä parantaa tutkimuksen laatua.

Ainutlaatuinen pilottihanke


FEGA-palvelussa toteutettiin pilottihanke yhteistyössä Helsingin yliopiston, HUS Helsingin yliopistollisen sairaalan ja CSC -Tieteen tietotekniikan keskus Oy:n kanssa. Euroopan laajuisesti uraauurtavassa pilotissa vietiin ensimmäistä kertaa sensitiivistä dataa kansalliseen FEGA-palveluun.

– GDPR-asetuksen voimaantulon jälkeen sensitiivisten aineistojen tallentamiseen ja jatkokäyttöön soveltuvien alustojen puuttuminen on rajannut mahdollisuuksia tehdä kliinistä, translationaalista ja lääketieteellistä perustutkimusta. FEGA-palvelua voi hyödyntää myös uusien tutkimusten käynnistämiseen. Tavoite on, että pilotissa luodut käytänteet hyödyttäisivät seuraavien sensitiivisten aineistojen tallentamista ja käyttöä, akatemiatutkija Sanna Vuoristo Helsingin yliopistolta sanoo. 

– Kontrolloidun ja suojatun aineistojen käytön mahdollistavan FEGA-palvelun avautuminen on tärkeää eurooppalaisen ja suomalaisen biolääketieteellisen ja lääketieteellisen tutkimuksen kannalta. Olen innoissani, että tämä HUS:n, CSC:n ja Helsingin yliopiston pitkäaikainen yhteistyöhanke on nyt saatu maaliin, HUSin tutkimusylilääkäri ja HUS:in FEGA-pilottiprojektin vetäjä Saila Koivusalo sanoo. 

CSC on kehittänyt suomalaisen FEGA-palvelun ja toimii tämän palvelun tarjoajana rekisterinpitäjille ja tutkijoille. HUS on kerännyt FEGA-pilottihankkeessa käytetyt näytteet, joista Helsingin yliopiston lääketieteellisessä tiedekunnassa toimivat tutkijat sekvensoivat lyhyitä RNA-molekyylejä, analysoivat sekvensoidun aineiston ja julkaisivat aineistosta artikkelin kansainvälisessä, Avoimen Tieteen periaatteita edellyttävässä julkaisusarjassa. HUS toimii aineiston rekisterinpitäjänä. 

Turvallinen käyttää 

 

– Tässä pilotissa vietiin ensimmäistä kertaa suomalaista tutkimusaineistoa kansalliseen FEGA-palveluun, josta data on löydettävissä myös kansainvälisesti. FEGA:n ansiosta dataa ei tarvitse siirtää maiden rajojen yli, vaan data pysyy turvallisesti Suomessa salattuna CSC:n palvelimilla. Varsinaista datan toimitusta edelsi aikaa vievä vaihe, jossa eri tahojen välille tehtiin asianmukaiset sopimukset. Nämä sopimukset ja luodut käytänteet helpottavat palvelun käyttöä jatkossa, kertoo CSC:n sensitiivisen datan palveluiden johtaja Ilkka Lappalainen.

Aiemmista kansanvälisistä palveluista poiketen nykyinen FEGA-palvelu mahdollistaa tutkijoiden aineiston entistä hallitumman jatkokäytön, koska rekisterinpitäjä voi todella hallita aineistoon pääsyä aineiston koko elinkaaren ajan. FEGA:n avulla voidaan tallentaa sensitiivistä dataa Suomessa tavalla, joka täyttää kaikki yleisen tietosuoja-asetuksen (GDPR) vaatimukset. Aineisto luovutetaan jatkokäyttöön CSC:n tietoturvalliseen palveluun, eikä aineistosta luoda turhia kopioita.

Käyttölupa tiettyyn aineistoon voidaan myöntää, jos ulkopuoliset tutkijat sitoutuvat aineiston käyttöehtoihin ja jos aineiston käyttö vastaa tarkoitusta, johon aineisto on alun perin tietoon perustuvalla suostumuksella luovutettu. FEGA-palvelussa oleviin aineistoihin tehdään pääsyhakemus CSC:n Sensitive Data Apply -palvelussa. Helsingin yliopiston lääketieteellisestä tiedekunnasta ja HUSista FEGA:an vietyihin aineistoihin kohdistuvat pääsyhakemukset arvioidaan vastikään perustetussa datakomiteassa, joka koostuu Meilahden kampuksella toimivista asiantuntijoista, juristeista ja rekisterinpitäjien edustajista. Datakomitean puheenjohtajana toimii ensimmäisellä kaudella HUSin tutkimusylilääkäri Saila Koivusalo

Lisätietoja:

Akatemiatutkija Sanna Vuoristo, Helsingin yliopisto

Tutkimusylilääkäri Saila Koivusalo, HUS Helsingin yliopistollinen sairaala

Arkaluonteisen datan palveluiden johtaja Ilkka Lappalainen, CSC-Tieteen tietotekniikan keskus Oy

 

Lisätietoja CSC:n FEGA-palvelusta

FEGA