Farmasian tiedekunnan tutkimuksen painopiste on lääketutkimus. Tutkimuksen tavoitteena on tunnistaa uusia lääkevaikutuksen kohteita, keksiä ja kehittää uusia lääkeaihioita, kehittää uusia lääkkeenantomenetelmiä, tutkia lääkkeiden farmakokineettisiä ja farmakologisia ominaisuuksia, kehittää uutta alaan liittyvää teknologiaa, sekä tutkia lääkehoitoon liittyviä yhteiskunnallisia ja taloudellisia kysymyksiä ja kouluttaa alan huippuosaajia.

Farmasian tiedekunta on monitieteinen kansallisesti ja kansainvälisesti arvostettu tutkimus- ja koulutusyksikkö, jolla on laaja yhteistyöverkosto sekä vahva täydentävä tutkimusrahoitus. Tiedekunnan tutkimuksen kärkihankkeena on englanninkielinen lääketutkimusohjelma Drug Research Program (DRP),  jossa toimii useita korkeatasoisia tutkimusryhmiä.