Viruksen sekvensointi

Suomessa virusnäytteiden sekvensointia on kehitetty Helsingin yliopiston virologian osastolla professori Olli Vapalahden , jossa koronavirussekvensointia on tehty ensimmäisestä COVID-19-potilaasta alkaen. Yhteistyö  ja kanssa mahdollistaa kaikkien saatavilla olevien näytteiden sekvensoinnin.

Sekvenssitiedot julkaistaan nopeasti avoimessa tietokannassa, jotta informaatio saadaan jaettua muiden tutkijoiden ja asiantuntijaorganisaatioiden kanssa. SARS-CoV-2 genomia tutkitaan parhaillaan yhtäaikaisesti monissa maissa, mikä mahdollistaa mutaatioiden reaaliaikaisen seuraamisen.

Viime vuoden 2020 aikana Helsingin yliopistossa tutkittiin yhteensä Kevään näytteistä on visualisoitu auspice-sovellusta hyödyntäen. Datasettiin kuuluu 40 vuoden 2020 helmikuun ja huhtikuun välillä koottua sekvenssiä suomalaisista Covid-19-potilaista. Kaikki sekvenssit ovat vähintään 95 prosenttia kokonaisia (esim. enimmillään 5 prosenttia sekvenssistä sisältää epäselvän ’N’ nukleotidin).

SARS-CoV-2-sekvenssien tieto on Helsingin yliopiston ja työn tulosta. Tämän sivuston ja näiden sekvenssien vastuuhenkilöt ovat Ravi Kant ja Teemu Smura.

Ota yhteyttä, jos haluat koko genomien sekvenssit (FASTA) ja TAB-muotoisen metadatan yllä olevan visualisoinnin tekoon käytetyistä zoonoosivirologian tutkimusyksikön tuottamista sekvensseistä.

Huom. tämä sivu on tarkoitettu ainoastaan zoonoosivirologian tutkimusyksikön (Helsingin yliopisto, virologian osasto) tuottamien julkaisemattomien SARS-CoV-2 sekvenssien saamiseksi. Julkaistut sekvenssit ovat tämänhetkisiä luonnoksia, jotka saattavat muuttua. Muutoksia saattaa tulla useista syistä, esimerkiksi uudelleenanalysoinnin yhteydessä.

Jos aiot käyttää näitä sekvenssejä osana julkaisua, ota yhteyttä ja varmista meiltä mahdolliset sekvensseihin liittyvät päivitetyt tiedot.

Lisätietoja: ja

( serverillä tehty – kiitos Kimmo Mattila)