Professori Seppo teki pitkän ja vaikuttavan uran Helsingin yliopistossa. Hän toimi myös useissa merkittävissä yhteiskunnallisissa ja kirkollisissa työ- ja luottamustehtävissä. Seppo oli syntynyt Oulussa 3.2.1939 pappisperheeseen. Tultuaan ylioppilaaksi hän aloitti teologian opinnot Helsingin yliopistossa ja valmistui 1965 teologian kandidaatiksi ja 1970 teologian lisensiaatiksi. Tohtoriksi Seppo väitteli vuonna 1983. Juha Seppo vihittiin papiksi 1965 Mikkelin hiippakuntaan, ja hän oli suorittanut myös pastoraalitutkinnon (1967).
Työuransa Seppo aloitti seurakuntapappina, mutta jo 1968 hänet kutsuttiin assistentin tehtävään Helsingin yliopistoon, minkä jälkeen hän toimi yliopisto-opettajana ja tutkijana. Vuodesta 1982 alkaen hän hoiti kirkkohistorian apulaisprofessorin tai professorin tehtäviä, aluksi sijaisena, ja 1989 alkaen tehtäviin nimitettynä: 1989–1994 hän oli kirkkohistorian apulaisprofessori, 1994–2000 Suomen ja Skandinavian kirkkohistorian professori. Eläkkeelle Seppo jäi vuonna 2000.
Juha Sepon akateeminen tutkimustyö oli monipuolista. Korkeatasoisessa väitöskirjassaan hän tutki vuoden 1923 uskonnonvapauslain vaikutuksia uskonnollisiin vähemmistöyhteisöihin, erityisesti näiden yhteisöjen eroamisprosesseja Suomen evankelis-luterilaisesta kirkosta. Seppo käsitteli tuotannossaan myös muun muassa Etelä-Pohjanmaan uskonnollisuutta, uskonnonvapauden kehittymistä Suomessa ja kansainvälisesti, kansainvälistä vapaa-ajattelijaliittoa ja sen vaikutuksia Suomeen sekä kirkon ja valtion suhteita niin Suomessa kuin kansainvälisesti. Eläkkeelle jäätyään Seppo kirjoitti vielä perusteellisen kaksiosaisen elämäkerran arkkipiispa Martti Simojoesta. Sepon perusteelliset, selkeästi kirjoitetut tutkimukset ovat jatkuvasti käytössä kirkkohistorian oppimateriaalina yliopistossamme. Paitsi tutkijana Juha Seppo muistetaan myös innostavana akateemisena opettajana ja erityisesti tarkkana ja paneutuvana väitöskirjojen ohjaajana.
Juha Seppo toimi Teologisen aikakauskirjan päätoimittajana 1991–1995. Hän oli urallaan jäsen myös Suomen historiallisen seuran ja Suomen kirkkohistoriallisen seuran hallituksissa: viimeksi mainittu seura kutsui hänet sittemmin kunniajäsenekseen. Kansainvälisistä tieteellisistä vastuista on syytä mainita jäsenyys European Consortium for Church and State Research -tutkimusyksikössä 1995–2002, ja tähän liittyvä julkaisutoiminta. Juha Seppo sai myös Suomen Valkoisen Ruusun ritarikunnan I luokan ritarimerkin.
Yhteiskunnallisista tehtävistä merkittävimmät olivat toimiminen parlamentaarisen Kirkko ja valtio -komitean sihteerinä vuosina 1972–1977 sekä uskonnonvapauskomitean jäsenenä ja varapuheenjohtajana vuosina 1998–2001. Ylioppilastutkintolautakunnan apujäsen Seppo oli 1986–1991 ja jäsen 1992–2000. Juha Sepolla oli useita kirkollisia ja ekumeenisia luottamustehtäviä ja hänelle myönnettiin näistä ansioistaan 2016 korkea kirkollinen kunniamerkki − Mikael Agricolan risti.
Kirjoittaja Aila Lauha on kirkkohistorian professori Helsingin yliopiston teologisessa tiedekunnassa.