Kaisaniemen kasvitieteellinen puutarha on sijainnut jo vuodesta 1829 lähtien Helsingin ytimessä Kluuvissa 4,9 hehtaarin alueella. Alue on järjestetty kasvisystematiikan mukaisesti heimoittain osastoihin. Keskeisin osa puutarhaa on evoluutiopuutarha, jossa kasvien systematiikkaa evoluution kehityksen mukaisesti.
Puutarhan vanhin ja suurin osa on arboretum puuvartisine kasveineen. Erikoisosastoja ovat mm. aistien-, kivikkokasvien, jäkälä- sekä sammalpuutarhat.
Trooppisten ja subtrooppisten kasvien kokoelma
Kaisaniemen puutarhan kymmenessä kasvihuoneessa on erilaisia ilmasto-olosuhteita kuten sademetsä, aavikko tai välimerenilmasto. Kasveja on myös eri maantieteellisiltä alueilta, kuten vaikkapa Etelä-Afrikasta tai erityksissä olevilta valtamerten saarilta. Suurin vetonaula on lummehuone jättilumpeineen.
Vuonna 2009 yleisölle avattu Kumpulan kasvitieteellinen puutarha levittäytyy Kumpulan kartanon historiallisille maille. Kuuden hehtaarin alue jakautuu kulttuurikasvien- ja maantieteelliseen kokoelmaan.
Maantieteellinen kokoelma on suunniteltu Vallilanlaakson alueen pienilmaston mukaan. Vallilanlaakson pohjan vanhalta merenpohjasavikolta puutarha nousee loivaa moreenista etelärinnettä alueen pohjoisosassa olevalle kallioiselle nyppylälle ja kummuille.
Kulttuurikasvien kokoelma
Koristekasvien osaton kokoelma rakentuu pääosin 1800-luvun tyypillisen kartanomiljöön kasvistosta. Joukossa on jo aiemmin Suomeen rantautuneita koristekasveja, kuten pihasyreeni ja aitaorapihlaja. Rohdoskasvimaa on rakennettu ensimmäisen, maassamme jo 1600-luvulla toimineen Turun akatemian aikaisen yrttitarhan mukaan. Kasvit on ryhmitelty niiden moninaisten lääkinnällisten vaikutusten mukaisesti. Ihmiskunnan ravinnokseen käyttämät, kotimaisissa oloissamme viihtyvät kasvit esitellään Kumpulan puutarhassa maantieteellisen alkuperänsä mukaan ryhmiteltyinä.
Maantieteellinen kokoelma
Kumpulan puutarhan maantieteellinen osa, Hortus geobotanicus, esittelee kattavasti pohjoisen pallonpuoliskon monimuotoista lajistoa. Kasveja on ilmastoltaan Suomen oloja vastaavilta alueilta itäisestä ja läntisestä Pohjois-Amerikasta, Kaukoidästä, Japanista ja Euroopasta. Puutarhan Eurooppa-osiossa nähdään myös Suomen tyypillistä kasvillisuutta.
Maantieteelliset osastot leviävät viuhkana lammelta kallioille, joten kaikissa niissä voidaan kasvattaa sekä vesi- ja rantakasveja että metsä- ja ketolajeja.